Η πρεσβυτεριανή θεολογία προέρχεται από τον Προτεσταντισμό και έχει τις ρίζες της στις διδασκαλίες του John Calvin. Η κύρια αρχή που διέπει την Πρεσβυτεριανή θεολογία είναι ότι η σωτηρία έρχεται μόνο με την πίστη, όχι με το να λατρεύεις εικόνες και αγίους ή να προσεύχεσαι για τους νεκρούς. Μερικοί από τους αξιόλογους ηγέτες της Πρεσβυτεριανής Εκκλησίας ήταν ο John Knox στη Σκωτία και ο Ulrich Zwingli και ο Heinrich Bullinger στην Ελβετία.
Ο όρος «Πρεσβυτεριανός» προέρχεται από το πρεσβυτέρος, που είναι η ελληνική λέξη για «πρεσβύτερος». Η οργάνωση της Πρεσβυτεριανής Εκκλησίας είναι παρόμοια με αυτή των Προτεσταντικών Εκκλησιών που υιοθέτησαν τις ιδέες της Προτεσταντικής Μεταρρύθμισης στην Ελβετία. Οι ιερείς, οι οποίοι εκλέγονται δημοκρατικά από τις τοπικές χριστιανικές κοινότητες τόσο από άνδρες όσο και από γυναίκες, διοικούν την Πρεσβυτεριανή Εκκλησία. Είναι επίσης μέλη των συμβουλίων της Εκκλησίας, των πρεσβυτέρων, των συνόδων, του Εθνικού Συμβουλίου και του Ανωτάτου Συμβουλίου.
Η θεολογία της Πρεσβυτεριανής Εκκλησίας δέχεται τόσο το Σύμβολο της Πίστεως των Αποστόλων όσο και το Σύμβολο της Νίκαιας. Μεταξύ των τονισμών αυτού του τύπου θεολογίας είναι η θεία εκλογή, η κυριαρχία του Θεού, η σημασία των μυστηρίων και η τέλεια ισορροπία ευσέβειας και πνευματικής κουλτούρας. Ακόμα κι αν αυτή η θεολογία προέρχεται από τις διδασκαλίες του Καλβίνου, δεν διδάσκει ότι ο Θεός προόρισε μερικούς ανθρώπους στη σωτηρία και άλλους στην καταδίκη. Οι Πρεσβυτεριανοί θεωρούν ότι αν και όλα τα ανθρώπινα όντα αξίζουν τιμωρία για την αμαρτωλή φύση τους, ο Θεός αποφάσισε να επιλέξει έναν αριθμό για τη σωτηρία και να αφήσει τους άλλους να ακολουθήσουν το δικό τους μονοπάτι.
Μόνο δύο μυστήρια που θεσπίστηκαν από τον Ιησού γίνονται δεκτά στην Πρεσβυτεριανή θεολογία: το βάπτισμα και το Δείπνο του Κυρίου. Οι Πρεσβυτεριανοί πιστεύουν ότι το βάπτισμα είναι ένα μυστήριο που καθιέρωσε ο Ιησούς, στο οποίο ένα άτομο που εισέρχεται στην εκκλησία λαμβάνει μια νέα γέννηση και συγχώρεση αμαρτιών. Το βάπτισμα γίνεται στο όνομα του Πατέρα, του Υιού και του Αγίου Πνεύματος και μπορεί να γίνει μόνο μία φορά στη ζωή. Το νερό χρησιμοποιείται ως εξωτερικό στοιχείο της βάπτισης, αλλά η κατάδυση δεν είναι απαραίτητη. Το Δείπνο του Κυρίου τιμά τη θυσία που έκανε ο Ιησούς στον σταυρό και τα εξωτερικά στοιχεία – ψωμί και κρασί – συμβολίζουν το σώμα και το αίμα του Ιησού, αντίστοιχα.
Στην Πρεσβυτεριανή θεολογία, η Βίβλος είναι το μέσο με το οποίο οι Χριστιανοί μαθαίνουν για την παρουσία του Θεού σε όλες τις πτυχές της ανθρώπινης ζωής, από τις απαρχές του χρόνου μέχρι τις μέρες μας. Οι Πρεσβυτεριανοί πιστεύουν ότι η αιώνια καλοσύνη και η συνεχής αγάπη του Θεού για τη δημιουργία του μπορούν να γίνουν κατανοητές με τη μελέτη της Βίβλου. Η Παλαιά Διαθήκη και η Καινή Διαθήκη χρησιμοποιούνται και οι δύο από τους Πρεσβυτεριανούς.
Πρεσβυτεριανά κολέγια υπάρχουν σε όλες τις χώρες όπου υπάρχει αυτή η εκκλησία. Πολλά από αυτά προσφέρουν στα παιδιά μια παραδοσιακή εκπαίδευση σύμφωνα με τις ηθικές αρχές του Πρεσβυτεριανισμού. Για άτομα που ενδιαφέρονται να αποκτήσουν πτυχίο θεολογίας, τα Πρεσβυτεριανά κολέγια προσφέρουν μαθήματα που σχετίζονται με την Πρεσβυτεριανή θεολογία, την ιεραποστολική εργασία και την ποιμαντική συμβουλευτική.