Στην επιστήμη, μια «χημική παγίδα» μπορεί να αναφέρεται σε πολλά διαφορετικά πράγματα, όπως μια συσκευή για τη δέσμευση χημικών για ασφάλεια, μια μορφή χημικού κλωβού για την απομόνωση μορίων και ένα κομμάτι εξοπλισμού ανίχνευσης. Η επιδιωκόμενη έννοια είναι συνήθως ξεκάθαρη από το πλαίσιο όπου χρησιμοποιείται ο όρος. Οι χημικές παγίδες μπορούν να βασίζονται σε αντιδράσεις με συγκεκριμένα μόρια για την επίτευξη του σκοπού τους, καθώς και σε εξειδικευμένα συστήματα φιλτραρίσματος. Μπορεί να σχεδιάζονται κατά παραγγελία στο εργαστήριο ή να πωλούνται από επιστημονικούς προμηθευτές.
Οι συσκευές που προορίζονται να παγιδεύουν χημικά μπορεί να αποτρέψουν τη μόλυνση, να βοηθήσουν στον καθαρισμό του περιβάλλοντος ή να προστατεύσουν τους ανθρώπους σε περιβάλλον όπου χρησιμοποιούνται επικίνδυνες χημικές ουσίες. Περιλαμβάνουν ένα φίλτρο σχεδιασμένο να προσελκύει μόρια της εμπλεκόμενης χημικής ουσίας, παγιδεύοντάς τα ενώ επιτρέπει σε άλλα υλικά να ρέουν μέσα. Ο ενεργός άνθρακας είναι ένα παράδειγμα υλικού διήθησης. Άλλοι μπορεί να χρησιμοποιούν επικαλυμμένα σφαιρίδια και αντιδραστικές χημικές ουσίες, ανάλογα με το τι έχει σχεδιαστεί να δεσμεύει ο εξοπλισμός.
Οι χημικοί κλωβοί χρησιμοποιούνται στην επιστημονική έρευνα για τον αυστηρό έλεγχο των μορίων, απελευθερώνοντάς τα με ακριβή χρονισμό. Αυτό μπορεί να είναι σημαντικό για δραστηριότητες όπως η μελέτη χημικών σημάτων στον εγκέφαλο. Οι ερευνητές μπορούν να κρατήσουν έναν νευροδιαβιβαστή μέσα στην παγίδα και να τον απελευθερώσουν με μια λάμψη φωτός ή άλλη χημική ουσία για να δουν τι κάνει. Ο σχεδιασμός τέτοιων ερευνητικών εργαλείων είναι περίπλοκος, επειδή πρέπει να είναι σε θέση να συγκρατούν μόρια, ενώ παράλληλα επιτρέπουν μια γρήγορη απελευθέρωση που δεν προκαλεί βλάβη σε γειτονικούς ιστούς.
Μια άλλη μορφή χημικής παγίδας είναι ένας ανιχνευτής. Μερικές φορές οι συγκεντρώσεις των χημικών ουσιών είναι εξαιρετικά χαμηλές ή είναι εξαιρετικά αντιδραστικές και δεν μπορούν να διαβαστούν με συνηθισμένα μέσα. Σε αυτή την περίπτωση, ένας αντιδραστικός παράγοντας μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως χημική παγίδα για να δείξει πότε υπάρχει άλλος παράγοντας. Για παράδειγμα, ένας ερευνητής που εργάζεται με κύτταρα μπορεί να χρησιμοποιήσει μια χημική ουσία που φθορίζει για να προδώσει την παρουσία άλλης χημικής ουσίας που μας ενδιαφέρει. Εκτός από την επιβεβαίωση ότι κάτι υπάρχει σε ένα δείγμα, η παγίδα μπορεί επίσης να παρέχει πληροφορίες σχετικά με το επίπεδο συγκέντρωσής της.
Σε όλες τις περιπτώσεις, η χημική παγίδα πρέπει να σχεδιαστεί για μια πολύ συγκεκριμένη εφαρμογή, επειδή τα χημικά συμπεριφέρονται πολύ διαφορετικά ανάλογα με τα άτομα των συστατικών τους και τη μοριακή τους κατασκευή. Σε ερευνητικά περιβάλλοντα, οι χημικοί μπορούν να αναπτύξουν κατά παραγγελία μια χημική παγίδα για μια πολύ συγκεκριμένη εφαρμογή, προκειμένου να λάβουν τα καλύτερα αποτελέσματα για τους σκοπούς τους. Μέρος ενός ερευνητικού έργου μπορεί να περιλαμβάνει τον καθορισμό του τρόπου δημιουργίας μιας αποτελεσματικής χημικής παγίδας για την ανάπτυξη αποτελεσμάτων που θα αντέχουν στην επανάληψη των δοκιμών και την αξιολόγηση των αποτελεσμάτων από ομοτίμους.