Ένας ακαδημαϊκός βιβλιοθηκονόμος διατηρεί μια ακαδημαϊκή βιβλιοθήκη, μια βιβλιοθήκη που διατηρείται σε ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα για χρήση μαθητών και προσωπικού. Οι ακαδημαϊκές βιβλιοθήκες έχουν μερικές πολύ μοναδικές ανάγκες που απαιτούν εξειδικευμένη κατάρτιση και προσόντα. Οι άνθρωποι που εργάζονται ως ακαδημαϊκοί βιβλιοθηκονόμοι είναι συνήθως απόφοιτοι διαπιστευμένων προγραμμάτων επιστημονικής βιβλιοθήκης και μπορεί να κατέχουν προχωρημένα πτυχία, ειδικά αν εργάζονται σε εξειδικευμένες βιβλιοθήκες.
Όπως και με άλλες πτυχές της βιβλιοθηκονομίας, το να είσαι ακαδημαϊκός βιβλιοθηκονόμος είναι πολύ περισσότερο από το να φυλάξεις βιβλία. Στην πραγματικότητα, οι περισσότεροι ακαδημαϊκοί βιβλιοθηκονόμοι δεν εμπλέκονται στη διαδικασία της κυριολεκτικής αποθήκευσης, την οποία χειρίζονται λιγότεροι υπάλληλοι της βιβλιοθήκης, όπως φοιτητές που εργάζονται. Ο βιβλιοθηκονόμος είναι υπεύθυνος για τη συντήρηση των συλλογών της βιβλιοθήκης, οι οποίες πρέπει να είναι της υψηλότερης ποιότητας για να ανταγωνιστούν άλλες ακαδημαϊκές βιβλιοθήκες.
Ένας ακαδημαϊκός βιβλιοθηκονόμος καθορίζει ποιο σύστημα καταλογογράφησης πρέπει να χρησιμοποιηθεί και πώς πρέπει να εφαρμοστεί ή διατηρεί ένα υπάρχον σύστημα καταλόγου, εκτός από την παραγγελία νέων βιβλίων, την παρακολούθηση της κατάστασης των βιβλίων στη συλλογή, την πώληση και τη διάθεση βιβλίων που δεν χρειάζονται πλέον , χειρισμός ειδικών αιτημάτων και παροχή βοήθειας με την έρευνα. Οι ακαδημαϊκοί βιβλιοθηκονόμοι μπορούν επίσης να προσλάβουν προσωπικό, να διαχειριστούν την πιστοποίηση του προσωπικού και των χρηστών της βιβλιοθήκης και να εργαστούν με τεχνολογία βιβλιοθηκών όπως υπολογιστές.
Πολλά εκπαιδευτικά ιδρύματα της εκπαίδευσης διαθέτουν αρκετές βιβλιοθήκες που αφορούν διαφορετικούς τομείς υποτροφιών, όπως ιατρική βιβλιοθήκη, μουσική βιβλιοθήκη, βιβλιοθήκη ανθρωπιστικών σπουδών και ούτω καθεξής. Το σύστημα της βιβλιοθήκης μπορεί να εποπτεύεται από έναν επικεφαλής βιβλιοθηκονόμο ο οποίος εποπτεύει βιβλιοθηκονόμους με ειδικές δεξιότητες που είναι υπεύθυνοι για αυτές τις ειδικές συλλογές σε καθημερινή βάση. Μέρος των αρμοδιοτήτων του επικεφαλής βιβλιοθηκονόμου μπορεί να περιλαμβάνει τη λήψη αποφάσεων για τον προϋπολογισμό και την πολιτική σχετικά με το σύστημα της βιβλιοθήκης στο σύνολό της, ενώ εξισορροπεί τις ανάγκες των επιμέρους κλάδων.
Σε ορισμένες ακαδημαϊκές βιβλιοθήκες, η βιβλιοθήκη περιλαμβάνει αρχεία και ειδικές συλλογές. Η πρόσβαση σε αυτά πρέπει να ελέγχεται προσεκτικά γιατί είναι πολύτιμα και μερικές φορές αναντικατάστατα. Συνήθως ένας ειδικά εκπαιδευμένος ακαδημαϊκός βιβλιοθηκονόμος είναι υπεύθυνος να επικεντρωθεί στο χειρισμό αυτών των συλλογών, διασφαλίζοντας ότι έχουν πρόσβαση μόνο από εξουσιοδοτημένους χρήστες, ότι οι άνθρωποι ακολουθούν προφυλάξεις κατά το χειρισμό τους και ότι οι συλλογές διατηρούνται σε ασφαλείς συνθήκες με κατάλληλη θερμοκρασία , υγρασία και επίπεδα φωτός. Αυτοί οι βιβλιοθηκονόμοι επεξεργάζονται επίσης νέο υλικό, συμπεριλαμβανομένου του δωρεά και του αποκτηθέντος υλικού, και εποπτεύουν περιστασιακά τις πωλήσεις ειδικών συλλογών για τη συγκέντρωση κεφαλαίων ή το κλάδεμα συλλογών σε πιο διαχειρίσιμο μέγεθος. Ένας ακαδημαϊκός βιβλιοθηκονόμος-αρχειοφύλακας εργάζεται με υλικά που περιλαμβάνουν γράμματα, χειρόγραφα, αντίκες χάρτες, βιβλία και έργα τέχνης.