Η σύνδεση μεταξύ του ουροποιητικού και του αναπαραγωγικού συστήματος έγκειται στην πρώιμη εμβρυϊκή ανάπτυξη αυτών των συστημάτων και στις ανατομικές θέσεις των συστημάτων. Το ουροποιητικό και αναπαραγωγικό σύστημα στους ανθρώπους δημιουργείται από το ίδιο εμβρυϊκό στρώμα κατά την εμβρυϊκή ανάπτυξη. Κατά το πρώτο τρίμηνο της ωρίμανσης του εμβρύου, αυτά τα δύο συστήματα διαφοροποιούνται και γίνονται δύο ξεχωριστές σωματικές λειτουργίες. Το ουροποιητικό σύστημα εξελίσσεται σε σύστημα σωματικών λειτουργιών για την απομάκρυνση των αποβλήτων και το αναπαραγωγικό σύστημα εξελίσσεται σε σύστημα σωματικών λειτουργιών με μοναδικό σκοπό τη διαιώνιση του είδους.
Το ουροποιητικό και αναπαραγωγικό σύστημα αναπτύσσεται από το ενδιάμεσο στρώμα μεσοδερμίου. Από αυτό το στρώμα εξελίσσονται τα νεφρά, οι γονάδες, οι αγωγοί Wolffian και οι αγωγοί Müllerian. Οι αγωγοί Wolffian ατροφούν στα θηλυκά αλλά συνεχίζουν να αναπτύσσουν τα σπερματικά κυστίδια, τα vas deferens, την επιδιδυμίδα και τον εκσπερματικό πόρο στα αρσενικά. Οι αγωγοί Müllerian σχηματίζονται στη μήτρα, τις σάλπιγγες και τον κόλπο στις γυναίκες. Οι γονάδες γίνονται οι όρχεις στα αρσενικά και οι ωοθήκες στις γυναίκες.
Αργότερα σε εξέλιξη, αφού τα νεφρά έχουν ανέβει στη θέση τους, η κύστη σχηματίζεται από τμήματα των αγωγών Wolffian και της ενδοδερμικής κλοάκας. Η ουρήθρα σχηματίζεται πλήρως στις γυναίκες και εν μέρει στα αρσενικά από την ενδοδερμική κλοάκα. Το υπόλοιπο της ανδρικής ουρήθρας αναπτύσσεται από τα εξωτερικά γεννητικά όργανα.
Στα αρσενικά, το ουροποιητικό και το αναπαραγωγικό σύστημα επικαλύπτονται ελαφρώς. Η ουρήθρα στα αρσενικά έχει διπλό σκοπό τόσο για την αποβολή των ούρων όσο και για την εκσπερμάτωση του σπέρματος. Τα ούρα σχηματίζονται στα νεφρά ως απόβλητο υλικό και ταξιδεύουν κάτω από τους ουρητήρες στην ουροδόχο κύστη για αποθήκευση μέχρι την αποβολή από το σώμα. Στο σημείο της ούρησης, τα ούρα ρέουν από την ουροδόχο κύστη μέσω της ουρήθρας και βγαίνουν από το σώμα από το πέος.
Οι γονάδες των αρσενικών ονομάζονται όρχεις. Το σπέρμα αναπτύσσεται στους όρχεις και αποθηκεύεται στα πηνία της επιδιδυμίδας. Πριν από την εκσπερμάτωση, το σπέρμα μεταφέρεται από την αποθήκευση στην επιδιδυμίδα μέσω των vas deferens, που βρίσκεται ακριβώς πίσω από την ουροδόχο κύστη και συνδέεται με την ουρήθρα. Το σπέρμα εκσπερμαίνεται στη συνέχεια από το σώμα μέσω της ουρήθρας μέσω του άκρου του πέους.
Για τις γυναίκες, το ουροποιητικό και το αναπαραγωγικό σύστημα διαχωρίζονται, αν και τόσο η ουρήθρα όσο και το κολπικό άνοιγμα βρίσκονται μέσα στα μικρά χείλη του κόλπου. Όπως και στα αρσενικά, τα ούρα παράγονται στους νεφρούς και ταξιδεύουν στην ουροδόχο κύστη μέσω των ουρητήρων. Τα ούρα εκπέμπονται από το θηλυκό μέσω της ουρήθρας, η οποία βρίσκεται μπροστά από το κολπικό άνοιγμα που βρίσκεται μέσα στα μικρά χείλη.
Τα αυγά παράγονται στις γυναικείες γονάδες ή στις ωοθήκες. Τυπικά, ένα μόνο ωάριο θα ταξιδέψει από τις ωοθήκες στις σάλπιγγες και τελικά στη μήτρα. Εάν δεν γίνει γονιμοποίηση του ωαρίου, θα ακολουθήσει έμμηνος ρύση, επιτρέποντας στο ενδομήτριο στρώμα της μήτρας και το μη γονιμοποιημένο ωάριο να εκπέμπεται μέσω του τραχήλου, στον κόλπο και έξω από το σώμα μέσω του κολπικού ανοίγματος.