Η αποικοδόμηση του RNA είναι η καταστροφή ορισμένων μεμονωμένων αποσπασμάτων και κλώνων RNA μέσα σε ένα κύτταρο. Αυτό παίζει σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση των κυτταρικών διεργασιών. Ανά πάσα στιγμή, τα κύτταρα σε έναν οργανισμό μπορούν να περιέχουν μεταβλητές ποσότητες RNA και ένα δείγμα ιστού μπορεί να υποστεί υποβάθμιση στην αποθήκευση καθώς και στο σώμα. Όταν τέτοια δείγματα χρησιμοποιούνται για έρευνα και κατάρτιση προφίλ, η υποβάθμιση μπορεί να γίνει πρόβλημα.
Τα κύτταρα χρησιμοποιούν RNA για να σηματοδοτήσουν την έναρξη και το τέλος διαφόρων διαδικασιών. Τα κύτταρα παράγουν πολύ περισσότερο RNA από ό, τι περιέχουν, το οποίο ήταν το πρώτο σημάδι για τους ερευνητές ότι η αποικοδόμηση του RNA πρέπει να συμβαίνει στο σώμα, καθώς το γενετικό υλικό έπρεπε να πηγαίνει κάπου. Η διαδικασία έχει μελετηθεί από τότε σε μια ποικιλία οργανισμών, ιδιαίτερα βακτηρίων, καθώς είναι κατάλληλοι για επιστημονική έρευνα.
Σε αποικοδόμηση RNA, τα ένζυμα κλειδώνουν σε ένα σκέλος και το διασπούν. Αυτό καθιστά το μήνυμα άχρηστο, καθώς τα βασικά ζεύγη έχουν διαλυθεί και δεν δημιουργούν πια μια πλήρη αλυσίδα πληροφοριών. Τα ένζυμα που είναι υπεύθυνα για τη διάσπαση του RNA μπορούν επίσης να κατευθύνουν το κύτταρο να ανακυκλώσει τα συστατικά, ώστε να μπορούν να χρησιμοποιηθούν ξανά για την παραγωγή περισσότερου RNA ή άλλων ενώσεων. Σε διάφορα σημεία του κύκλου ζωής ενός κυττάρου, μπορεί να χρειαστεί περισσότερα ή λιγότερα σήματα RNA για τη ρύθμιση διαφόρων διαδικασιών. Η υποβάθμιση του RNA επιτρέπει στα κύτταρα να δημιουργήσουν αυτό που χρειάζονται και να το απορρίψουν όταν δεν το κάνουν αυτό μέσω αυτορρύθμισης.
Ορισμένα σκέλη του RNA έχουν πολύ μικρή διάρκεια ζωής ενώ άλλα μπορεί να ζήσουν περισσότερο επειδή αποτελούν μέρος σύνθετων και συνεχιζόμενων διαδικασιών. Οι ερευνητές μπορούν να εξετάσουν διαφορετικά είδη συμπλεγμάτων RNA για να μάθουν περισσότερα για το πώς λειτουργούν στο σώμα και πότε αρχίζουν να υποβαθμίζονται. Η διαδικασία ξεκινά συνήθως σε ένα από τα άκρα του κλώνου, σαν να ξετυλίγει ένα μαντήλι. Τα ένζυμα που είναι υπεύθυνα για τη διάσπαση του RNA μπορούν να κλειδωθούν σε συγκεκριμένες βάσεις ή ζεύγη και να ξεκινήσουν τη δουλειά τους για να κόψουν το σκέλος σε μικρότερα τμήματα.
Όπως το DNA, το RNA μεταφέρει τεράστιο όγκο πληροφοριών και λειτουργεί ως σηματοδότης στο σώμα. Δεν είναι όλα τα DNA και RNA σε ένα κύτταρο ταυτόχρονα ενεργά, καθώς αυτό θα δημιουργούσε σύγχυση και ένα μπέρδεμα γεγονότων μέσα στο κύτταρο. Για παράδειγμα, ένα ηπατικό κύτταρο θα επιχειρούσε επίσης να λειτουργήσει ως κύτταρο δέρματος, μυϊκό κύτταρο και ούτω καθεξής, επειδή όλα τα γονίδια που εμπλέκονται στην κυτταρική διαφοροποίηση θα ήταν ενεργά. Κάθε κύτταρο έχει ένα σχέδιο που χρησιμοποιεί για να καθορίσει τι είδους κύτταρο θα είναι και τους τύπους των λειτουργιών που θα εκτελέσει, μέχρι την υποβάθμιση του RNA για να απαλλαγεί από το RNA που δεν χρειάζεται πλέον.