Το εικονικό μικροσκόπιο είναι μια σουίτα λογισμικού και στοιχείων δεδομένων που επιτρέπουν στους χρήστες να έχουν πρόσβαση σε πραγματικές, αρχειοθετημένες εικόνες μέσω του Διαδικτύου και να τις εξερευνούν στον υπολογιστή τους σαν να χρησιμοποιούν πραγματικό μικροσκόπιο. Είναι ένα χρήσιμο εργαλείο έρευνας, διδασκαλίας και μάθησης, αλλά περιορίζεται από το μέγεθος της βιβλιοθήκης των αποθηκευμένων εικόνων και από τη δυσκολία απόδοσης των τρισδιάστατων εικόνων που φαίνονται μέσα από ένα πραγματικό στερεοσκοπικό μικροσκόπιο. Η εικονική φύση των εικόνων επιτρέπει στους χρήστες να χειρίζονται και να εξερευνούν εικόνες χρησιμοποιώντας τον υπολογιστή τους με τρόπους που ένα βασικό μικροσκόπιο δεν μπορεί, ωστόσο.
Ανάλογα με την προβλεπόμενη χρήση, ένα εικονικό μικροσκόπιο μπορεί να είναι μια απλή διαισθητική διεπαφή με μια μικρή βιβλιοθήκη εικόνων που χρησιμοποιείται ως διαδραστική άσκηση για τα παιδιά για να τους διδάξει τις βασικές αρχές της μικροσκοπίας ή μπορεί να είναι ένα ολοκληρωμένο διαδραστικό εργαλείο με πλήρη προσομοίωση λειτουργιών πολλών τύπων πραγματικών μικροσκοπίων που βασίζεται σε μια πολύ μεγάλη βάση δεδομένων εικόνων. Το ένα χαρακτηριστικό που μοιράζονται όλοι οι τύποι εικονικών μικροσκοπίων είναι ότι όλα είναι προσομοιώσεις σε υπολογιστή των χαρακτηριστικών και των δυνατοτήτων ενός πραγματικού μικροσκοπίου. Ορισμένα μπορεί να είναι ελεύθερα προσβάσιμα στο κοινό, ενώ άλλα μπορεί να είναι προσβάσιμα μόνο σε άτομα με εξουσιοδοτημένη πρόσβαση στην περίπτωση ευαίσθητης έρευνας ή εγκληματολογικών στοιχείων που συλλέγονται για σκοπούς επιβολής του νόμου.
Μια βάση δεδομένων εικόνων είναι η βάση για όλα τα εικονικά μικροσκόπια και οποιοδήποτε τέτοιο σύστημα περιορίζεται από το μέγεθος της βιβλιοθήκης εικόνων του. Οι πραγματικές εικόνες που λαμβάνονται με κάμερες και πραγματικά μικροσκόπια μετατρέπονται σε ψηφιακά αρχεία εξαιρετικά υψηλής ανάλυσης και αποθηκεύονται σε μια βάση δεδομένων όπου μπορούν να έχουν πρόσβαση οι χρήστες του συστήματος εικονικού μικροσκοπίου. Οι λειτουργίες ενός ή περισσότερων τύπων μικροσκοπίων προσομοιώνονται με λογισμικό, επιτρέποντας στους χρήστες να χειρίζονται και να μελετούν εικόνες με τον ίδιο τρόπο που θα μπορούσαν να κάνουν εάν μελετούσαν ένα δείγμα με πραγματικό μικροσκόπιο.
Η ανάπτυξη εικονικών μικροσκοπίων είναι μια σημαντική πρόοδος στη διδασκαλία, καθώς επιτρέπει σε πολλούς περισσότερους μαθητές να κάνουν χρήση μικροσκοπικών εικόνων χωρίς την ανάγκη φυσικών οργάνων, κάτι που πολλά ιδρύματα δεν θα μπορούσαν διαφορετικά να πραγματοποιήσουν χωρίς να αγοράσουν μεγαλύτερο αριθμό ακριβών πραγματικών οργάνων. Αντί να αγοράζει πρόσθετα μικροσκόπια και να παρέχει εγκαταστάσεις για τη χρήση τους, ένα πανεπιστήμιο μπορεί να επιτρέψει στους φοιτητές να κατεβάσουν και να εγκαταστήσουν απλώς το λογισμικό εικονικού μικροσκοπίου στους προσωπικούς τους υπολογιστές. Παρέχοντας διαδικτυακές βιβλιοθήκες εικόνων, επιτρέπει επίσης σε πολύ περισσότερους μαθητές και ερευνητές από ό,τι θα είχαν συνήθως πρόσβαση να κάνουν χρήση δεδομένων .