Perlele vin într-o varietate de culori și nuanțe, de la alb, crem și roz la negru, cu nuanțe de albastru, verde sau violet. Mulți factori sunt responsabili pentru culoarea unei perle, dar în cea mai mare parte depinde de întâmplare. O stridie cu buze negre nu creează de obicei o perlă albă și este foarte rar ca alte stridii să producă o perlă neagră. În afară de asta, totuși, există puține certitudini cu privire la culoarea perlelor pe care te poți aștepta să le recoltezi din anumite stridii sau din anumite zone.
Materialul care alcătuiește o perlă, cunoscut sub numele de nacru, este secretat de stridie ca răspuns la un iritant din interiorul cochiliei. Perlele naturale sunt extrem de rare și scumpe și constau din straturi concentrice de nacru în jurul unui iritant original posibil microscopic, cum ar fi o bucată de nisip. Perlele de cultură sunt realizate prin introducerea unui nucleu de coajă, de obicei perfect rotund, și permițând să se formeze câteva straturi de nacru în jurul acestuia.
Factorii care contribuie la culoarea unei perle includ tipul de stridie, grosimea și numărul de straturi de nacru și, eventual, oligoelemente în mediul acvatic al stridiilor. Un producător de perle poate influența, de asemenea, într-o oarecare măsură culoarea perlei prin introducerea de țesut dintr-o altă stridie în stridia gazdă împreună cu nucleul cochiliei. Culoarea unei perle este determinată de o combinație de factori: culoarea de bază, nuanța și irizația. Perlele de cultură sunt și ele vopsite uneori.
Cu cât este mai groasă, cu atât culoarea perlei va fi mai bogată și va prezenta mai multe irizații. Nacru subțire tinde să devină o perlă cu aspect lăptos, cu puține nuanțe. Irizația unei perle se datorează straturilor suprapuse de nacru translucid.
Culoarea unei perle poate sau nu să-i afecteze costul, deși uniformitatea culorii face perlele mai valoroase. Perlele negre odinioară erau destul de rare și foarte valoroase, dar acum sunt cultivate și, prin urmare, sunt mult mai disponibile pe scară largă. Perlele albe naturale sunt mai rare și mai valoroase decât perlele negre de cultură. Cea mai bună culoare este în mare măsură o chestiune de alegere personală, sau ceea ce măgulește cel mai mult nuanța pielii, deși există preferințe regionale și pot afecta prețul.