Începutul epidemiei de SIDA a fost o schimbare subtilă a materialului genetic al unui virus care a permis virusului să devină zoonotic, ceea ce înseamnă că ar putea fi transferat de la animale la oameni. Într-o perioadă de timp care probabil a durat zeci de ani, virusul a fost transmis în mod repetat de la primate din Africa la oameni și, în cele din urmă, și-a stabilit un punct de sprijin în populația umană și a început să se răspândească dincolo de granițele continentului african. Până când oamenii de știință și profesioniștii din domeniul medical au reușit să conecteze toate punctele, epidemia de SIDA se răspândise în mare parte din lume; din 2007, peste 33 de milioane de oameni din întreaga lume erau infectați cu HIV, virusul care se dezvoltă în SIDA.
Există o dispută cu privire la începutul epidemiei de SIDA și, chiar și acum, cercetătorii încă pun cap la cap piesele puzzle-ului. Este clar că virusul HIV își are originea la primatele care trăiesc în Africa de Vest și Centrală și că probabil a fost transmis oamenilor în comunitățile în care oamenii mănâncă carnea primatelor. Unii cercetători au sugerat că ascensiunea orașelor din Africa ar fi putut, de asemenea, să fi contribuit la răspândirea SIDA, prin concentrarea populațiilor umane.
Din Africa, virusul SIDA a sărit în Haiti și apoi a început să se răspândească rapid în mai multe direcții. Un însoțitor de bord gay denumit uneori „Pacientul Zero” este adesea defăimat pentru că a provocat epidemia de SIDA, dar toate dovezile sugerează că virusul s-a răspândit simultan în mai multe comunități; virusul HIV are de fapt mai multe grupări diferite sau „clade”, ilustrând faptul că nu a fost cauzat de un singur individ.
Cladele sugerează, de asemenea, ceva mai interesant, și anume că HIV și SIDA sunt probabil mult mai vechi decât cred oamenii. Cunoașterea generală a epidemiei de SIDA sugerează că virusul a apărut în anii 1980, dar, de fapt, a început mai probabil să se răspândească în anii 1930, crescând exponențial până când au existat suficiente cazuri în anii 1980 pentru ca profesioniștii din domeniul medical să-și dea seama că au avut o epidemie. Cel puțin un deces documentat din cauza SIDA datează din anii 1950, susținând acest punct de vedere.
Aflând mai multe despre răspândirea epidemiei de SIDA, cercetătorii speră să descopere noi tehnici pentru tratarea și, probabil, vindecarea sau vaccinarea împotriva bolii. De exemplu, diferite clade răspund în moduri unice la tratament, ilustrând diversitatea virusurilor HIV și SIDA, iar unele clade sunt mai fatale decât altele; Cladele mai puțin fatale sunt probabil mai în vârstă, deoarece victimele lor ar fi trăit suficient pentru ca boala să se răspândească în continuare.