Relația dintre mucegai și ciupercă este că mucegaiul este de fapt un tip de ciupercă. În taxonomie, un mod științific de clasificare și clasificare a vieții, ciuperca este unul dintre cele trei regate, alături de regnurile vegetale și animale. Mucegaiul și ciuperca au ambele conotații comune și științifice, deși „ciuperca” este un termen mai științific și mai precis decât mucegaiul.
Mucegaiul este denumirea comună pentru un set de organisme aparținând unor fili diferite, o altă diviziune taxonomică, din regnul ciupercilor. Ciupercile sunt eucariote, caracterizate prin celule nucleate și structuri celulare legate de membrană, spre deosebire de procariote, care nu au nuclei sau structuri celulare legate de membrană. De asemenea, sunt heterotrofe, ceea ce înseamnă că nu își pot produce propria energie, precum plantele, și trebuie să trăiască din materia organică din habitatul lor. Filele de ciuperci includ Chytridiomycota, Ascomycota, Blastocladiomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Neocallimastigomycota și Basidiomycota.
Este dificil să se facă o diferențiere precisă între mucegai și ciuperci de alte tipuri, deoarece mucegaiul aparține mai multor phyla diferite și împărtășește aceste phyla cu alte tipuri de ciuperci. Nu se încadrează perfect în nicio categorizare. În general, mucegaiul este un tip de miceliu care produce în mare parte spori asexuați numiți conidii, dar uneori include și spori sexuali. Acest lucru contrastează cu ciupercile, un corp fructifer sexual de miceliu. Miceliul este un tip de ciupercă care crește sub formă de fire multicelulare, ramificate, numite hife. Acest lucru este spre deosebire de drojdii, care cresc într-un mod unicelular.
Mucegaiul nu este vizibil cu ochiul liber până când nu formează o colonie, așa cum s-ar putea vedea crescând pe perete sau pe pâine. Adesea, mucegaiul este viu colorat, ajutând adesea la diferențierea mucegaiului și a ciupercilor de alte tipuri. Mucegaiul aparține de obicei membrilor asexuați ai filelor Basidiomycota și Ascomycota.
Mucegaiul și alte ciuperci pot provoca efecte negative asupra sănătății, inclusiv reacții alergice, infecții și expunerea la micotoxine. Micotoxinele sunt substanțe chimice produse de anumite tipuri de mucegaiuri menite să împiedice creșterea microorganismelor concurente. Aceste substanțe chimice pot afecta sistemul imunitar și plămânii și pot face organismul mai susceptibil la infecții bacteriene. Chartarum lui Stachybotry, numit adesea mucegai negru, este un exemplu destul de comun al acestor mucegaiuri toxice și este cel mai probabil să provoace probleme de sănătate în spații închise umede, cum ar fi casele inundate.
Oamenii au folosit, de asemenea, alte tipuri de mucegai, drojdii și ciuperci în beneficiul lor, în dospitul pâinii, ciuperci comestibile, producerea de alcool, fabricarea drogurilor și cultivarea brânzeturilor. Mucegaiul Penicillium este poate cel mai faimos dintre aceste ciuperci „bune”. Penicillium a fost folosit în producția de brânzeturi de mulți ani și, în 1928, s-a descoperit că bacteria poate fi folosită și pentru a face antibiotice. Alexander Fleming, un om de știință scoțian de la Spitalul St. Mary’s din Londra, a lăsat accidental deschisă o placă Petri care conținea bacterii Staphylococcus, permițându-i să se contamineze cu un mucegai identificat ulterior ca Penicillium notatum. Fleming a observat că mucegaiul combate bacteriile, ducând la dezvoltarea antibioticului foarte prescris, penicilina.