Corpul uman adult are aproximativ 1013 celule, de aproximativ 1600 de ori mai mare decât numărul de ființe umane de pe Pământ. Se estimează că pentru fiecare celulă din corpul uman există aproximativ zece microorganisme, majoritatea bacterii în intestinul gros. Acest lucru este posibil deoarece volumul unei celule bacteriene tipice poate fi de peste 1000 de ori mai mic decât cel al uneia dintre celulele corpului.
Alături de flora organismului bacterian, toată lumea este colonizată de ciuperci (în principal drojdii), protisti și arhee (în principal metanogene), deși se știe mai puțin despre acestea din cauza deficitului lor în comparație cu bacteriile. În domeniul florei macroscopice corporale, atunci când se găsesc în interiorul corpului, aceștia sunt de obicei paraziți dăunători, cum ar fi teniile. Cu toate acestea, anumiți oameni pot avea mii de floră corporală macroscopică în piele sau păr, adesea sub formă de acarieni. Oamenii de știință cred că ar putea exista până la un milion de specii de acarieni în lume, adaptate oricărui mediu imaginabil, inclusiv corpului uman.
99% din bacteriile din intestin provin din 30-40 de specii. Genurile frecvent observate includ Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus și Bifidobacterium. Flora organismului bacterian tinde să aibă o relație simbiotică cu gazda lor. Bacteriile ajută la digerarea carbohidraților complecși care altfel ar fi indigerabili, promovează creșterea celulelor intestinale, reprimă microbii patogeni, previn alergiile, bolile inflamatorii intestinale și joacă un rol crucial în sistemul imunitar. Flora corporală și corpul pe care îl ocupă co-evoluează de zeci de milioane de ani.
Aproximativ 60% din masa fecalelor este formată din bacterii. Unele bacterii găsite în fecale pot fi patogene pentru persoana de la care provin și pentru oamenii din jurul lor. Aceasta este o parte din motivul igienei moderne. Bacteriile răspândite prin fecale includ E. coli și Vibrio cholerae, bacteria care provoacă holera.