Tubul digestiv uman începe în gură și se extinde până la anus. Flora intestinală se referă la microorganismele care locuiesc în tractul digestiv. Aceste microorganisme sunt în general inofensive. Distribuția lor variază de-a lungul locației intestinului și între indivizi. Ele joacă un rol important în funcționarea protectoare, structurală și metabolică a intestinului.
Bacteriile sunt microorganismele dominante în intestin. Ele domină atât jejunul și ileonul intestinului subțire distal, cât și intestinul gros. Secrețiile acide, pancreatice și biliare împiedică colonizarea lor a stomacului și a duodenului intestinului subțire proximal. Bacteriile aerobe, cum ar fi lactobacilii aerobi și enterococii, sunt flora intestinală dominantă în jejun, iar ileonul și intestinul gros sunt dominate de bacterii anaerobe precum bifidobacteria, Escherichia coli și lactobacilii anaerobi. Într-un intestin adult pot exista unele modificări ale populației bacteriene atunci când apar schimbări în vârstă, dietă, stil de viață și mediu.
În condiții normale, gazda umană și flora sa intestinală au o relație simbiotică în care ambele sunt benefice reciproc. Gazda umană oferă hrană și un mediu stabil pentru flora intestinală. Între timp, flora intestinală oferă beneficii gazdei umane prin prevenirea colonizării bacteriilor dăunătoare în intestin, prevenind inflamația intestinală, contribuind la dezvoltarea sistemului imunitar, îmbunătățind absorbția alimentelor și a apei și sintetizează vitaminele K și B12.
Creșterea bacteriilor dăunătoare este împiedicată prin efectul de barieră, ceea ce înseamnă că aderența florei intestinale la mucoasa intestinală concurează și inhibă invazia bacteriilor dăunătoare. Rolul său în prevenirea inflamației intestinale și în contribuția la dezvoltarea sistemului imunitar este atribuit capacității florei intestinale de a stimula țesuturile limfoide din intestin pentru a produce anticorpi împotriva bacteriilor dăunătoare. Creșterea țesuturilor limfoide poate fi cauzată și de acțiunea acizilor grași cu lanț scurt, care sunt produse ale fermentației carbohidraților de către bacterii. În plus, acizii grași cu lanț scurt controlează proliferarea și diferențierea celulelor care căptușesc intestinul, care ajută la prevenirea leziunilor mucoasei intestinale.
Pe lângă fermentarea carbohidraților, enzimele produse de flora intestinală sporesc și absorbția carbohidraților. Aceste enzime digeră carbohidrații într-o formă de energie și substanțe nutritive utile pentru oameni. În plus, este îmbunătățită și absorbția apei și a mineralelor dietetice, cum ar fi fierul, calciul și magneziul, care sunt, de asemenea, esențiale în funcțiile metabolice ale corpului uman.