Ochrona terenów podmokłych, na najbardziej podstawowym poziomie, to praktyka zachowania siedlisk podmokłych dla rodzimej przyrody i roślinności. Obejmuje liczne działania na rzecz ochrony środowiska i dzikiej przyrody, mające na celu zachowanie delikatnych ekosystemów różnych obszarów podmokłych. Takie obszary są zwykle rozumiane jako torfowiska, bagna, bagna i inne obszary z glebą wystarczająco nasyconą wodą, aby podtrzymywać życie roślinne i zwierzęce przyzwyczajone do takich środowisk. Ochrona terenów podmokłych, poza zachowaniem naturalnego siedliska na terenach podmokłych, ma daleko idące konsekwencje, zwłaszcza dla otaczających je obszarów i przemysłu.
W działaniach na rzecz ochrony mokradeł uczestniczy wiele lokalnych, regionalnych i międzynarodowych grup środowiskowych oraz agencji rządowych. Programy i inicjatywy obejmują monitorowanie zmian klimatycznych; badanie wpływu przemysłu na rafy przybrzeżne, wewnętrzne równiny zalewowe i inne tereny podmokłe; leczenie rdzennej przyrody pod kątem choroby; oraz wprowadzenie ograniczeń dotyczących magazynowania wody lub budowy w pobliżu obszarów podmokłych. W zależności od konkretnych lokalizacji niektóre agencje rządowe i organizacje non-profit współpracują z władzami lokalnymi w celu monitorowania wpływu zapór i innych projektów infrastrukturalnych na okoliczne tereny podmokłe.
Celem ochrony terenów podmokłych jest zapewnienie, że dzika przyroda i roślinność rodzima dla danego obszaru mają dostępne zasoby do utrzymania ekosystemu. Dąży również do zapewnienia, że wszelkie zmiany w tym ekosystemie nie wpłyną niekorzystnie na otaczające ziemie i ekosystemy. Na przykład budowa tamy hydroelektrycznej może zablokować odpływ wód powierzchniowych do okolicznych terenów podmokłych. Bez niezbędnych wód powierzchniowych te tereny podmokłe mogą wysychać, zabijając roślinność i wypierając dzikie zwierzęta. Utrata terenów podmokłych niekorzystnie wpływa na rybołówstwo, rolnictwo i inne gałęzie przemysłu na danym obszarze, nie wspominając o skutkach środowiskowych dla okolicznych obszarów.
Konkretne działania na rzecz ochrony terenów podmokłych różnią się w zależności od lokalnej geografii; rodzaje wspieranej gleby, roślinności i dzikiej przyrody; oraz dostępne wsparcie i zasoby. Niektóre lokalizacje mają inne problemy, takie jak emisje dwutlenku węgla lub zmiany klimatyczne, które wymagają innych wysiłków na rzecz ochrony terenów podmokłych niż inne obszary dotknięte innymi problemami, takimi jak przebudowa lub odpady przemysłowe. Dalsze wysiłki mogą być konieczne w przypadku obszarów podmokłych, na których występują choroby ptaków wędrownych lub przeludnienie niektórych roślin lub szkodników.
Interwencja ze strony ludzkości w celu rozwiązania problemów specyficznych dla danej lokalizacji stanowi sedno każdej inicjatywy na rzecz ochrony terenów podmokłych. Ochrona zwierząt i ochrona zagrożonych zwierząt, ochrona siedlisk i ochrona zasobów terenów podmokłych są ważnymi czynnikami ochrony terenów podmokłych. To, które obszary wymagają największej uwagi, różnią się w zależności od konkretnych problemów i potrzeb każdego obszaru, ale wszystkie wysiłki są zaprojektowane z myślą o całym ekosystemie mokradeł. Obszary, które są uzależnione od zasobów podmokłych, zazwyczaj są najbardziej skoncentrowane, podczas gdy obszary w niewielkim stopniu uzależnione od ekosystemów podmokłych zwykle odkładają działania ochronne, dopóki zagrożenia nie będą odczuwalne gdzie indziej.