Skutki uboczne omeprazolu prowadzą od łagodnych i powszechnych problemów zdrowotnych do poważniejszych. W niektórych przypadkach te działania niepożądane mogą mieć wpływ na inne wcześniej istniejące schorzenia. Drobne dolegliwości obejmują nudności i ból brzucha, z takimi objawami, jak obrzęk ust i trudności w oddychaniu, wskazujące na cięższe reakcje na lek. Omeprazol jest powszechnie stosowany w leczeniu przewlekłej zgagi i refluksu żołądkowego. Podobnie jak w przypadku każdego rodzaju leków na receptę, społeczność medyczna zdecydowanie zaleca, aby pacjenci zgłaszali wszelkie drobne lub poważne komplikacje związane z przyjmowaniem leku, który okazuje się być długotrwały lub uciążliwy.
Wśród najczęstszych skutków ubocznych omeprazolu typowe są nudności i ból brzucha. Mogą również wystąpić inne rodzaje rozstroju żołądka, zwłaszcza wymioty i łagodne skurcze. Nietypowe objawy gazu mogą również stanowić problem dla niektórych osób, które niedawno rozpoczęły tego typu leczenie. Niektórzy pacjenci przepisujący ten lek na refluks żołądkowy zgłaszają drobne problemy z często występującymi bólami głowy. Większość lekarzy nie uważa tych objawów za szczególnie niebezpieczne, chociaż zaleca się, aby pacjent skontaktował się z lekarzem, jeśli drażniące objawy nie ustąpią samoistnie w odpowiednim czasie.
Chociaż pacjenci zgłaszali również nietypowe, umiarkowane działania niepożądane omeprazolu. U niektórych osób wystąpiły reakcje na omeprazol, które bardzo przypominają objawy typowych ataków alergicznych, takie jak wysypka skórna, pokrzywka i uczucie ucisku w klatce piersiowej. Pacjenci ci mogą również zauważyć pewne trudności w oddychaniu i obrzęk ust, w tym języka i warg. Inne objawy działań niepożądanych to objawy grypopodobne, takie jak gorączka, dreszcze i ból gardła. Pacjenci, u których wystąpią te działania niepożądane, powinni jak najszybciej skontaktować się z lekarzem prowadzącym, aby uzyskać instrukcje dotyczące kontynuowania leczenia.
W bardzo rzadkich przypadkach zgłaszano niezwykle poważne działania niepożądane omeprazolu, w tym silny ból kości, drgawki oraz niewyjaśnione i nietypowe siniaki i krwawienia. Niektórzy pacjenci doświadczali również zaczerwienienia i powstawania pęcherzy na skórze, poważnych zmian widzenia i skrajnego zmęczenia podczas przyjmowania omeprazolu. Żołądek może być również dotknięty bolesnymi i przewlekłymi skurczami oraz biegunką. Dodatkowymi poważnymi reakcjami są obecność nienormalnie ciemnego moczu, obrzęk dłoni i stóp oraz nagły przyrost masy ciała. Te reakcje alergiczne na leki wskazują na możliwość wystąpienia problemów z nerkami i wątrobą, a pacjent powinien powiadomić lekarza i natychmiast zwrócić się o pomoc lekarską, jeśli takie objawy się pojawią.