Istnieje wiele możliwości wyboru gleb i podłoży wyjściowych do nasion, takich jak ziemia ogrodowa i mieszanki kompostowe, mieszanki bezglebowe zawierające głównie torfowiec lub inne przyjazne dla środowiska mieszanki zawierające włókno kokosowe wyekstrahowane z łuski orzecha kokosowego. Wybór odpowiedniej gleby do wysiewu nasion zależy od rodzaju uprawianej roślinności. Niektóre mieszanki startowe nasion w rzeczywistości nie zawierają gleby, ponieważ gleby są czasami zbyt ciężkie do kiełkowania nasion i mogą zawierać choroby, które mogą być szkodliwe dla roślin. Obecnie istnieje trend w kierunku mieszanek bezglebowych, ale jest wielu ogrodników, którzy z powodzeniem stosują tradycyjną glebę do nasion.
Mieszanka do kiełkowania nasion zalecana przez Cornell University to bezglebowy „torf-lite”, który jest mieszanką torfowca i perlitu lub wermikulitu. Ta mieszanka jest powszechnie spotykana w formie peletów i jest popularnym wyborem, ponieważ zapobiega zgniliznie roślin. Zawilgocenie jest spowodowane chorobami grzybiczymi, które rozprzestrzeniają się wśród sadzonek w pojemnikach do uprawy, a rozwiązaniem problemu jest stosowanie bezglebowych mieszanek do kiełkowania, takich jak „torf-lite”. Torf torfowiec jest częściowo rozłożony i skutecznie zatrzymuje wodę, podczas gdy perlit to szkło wulkaniczne, które po obróbce cieplnej jest lekkie.
Zbiór torfu i innej roślinności może być jednak destrukcyjny dla terenów podmokłych, a dostępne są inne podłoża do wysiewu nasion, które są uważane za bardziej przyjazne dla środowiska. Kokos kokosowy jest jednym z tych nośników, ponieważ łupiny orzecha kokosowego są bardziej zrównoważone i prawie zawsze są wolne od chorób, ponieważ zawierają pożyteczny grzyb. Włókna użyte w tej glebie wyjściowej z nasion zawierają kolonie Aspergillus terreus, pożytecznego grzyba, który jest odporny na patogenne grzyby, o których wiadomo, że powodują szkodliwe choroby roślin.
Gdy używana jest gleba do wysiewu nasion, ogrodnicy mogą również uzupełnić podłoże naturalnymi dodatkami, aby zwalczyć również grzyby i choroby. Na przykład drobno posypane cynamonem na powierzchnię gleby zwalcza grzyby, podobnie jak częste spryskiwanie rozcieńczoną herbatą rumiankową. Tego typu metody, stosowane oprócz gleb wyjściowych do nasion, będą najczęściej sprzyjać zdrowej uprawie roślin. Niektóre bardziej złożone mieszanki zawierają tradycyjną glebę w połączeniu z kompostem i wapnem, które dostarczają roślinom składników niezbędnych do zdrowego wzrostu i zapobiegania chorobom. Wapno podnosi pH mieszanki, która jest nieprzyjaznym środowiskiem dla wielu powszechnych patogenów, a także dostarcza wapń i magnez, składniki odżywcze, które w normalnej glebie są często wyczerpane.