Program do defragmentacji rejestru ma na celu zwiększenie szybkości komputera poprzez organizowanie plików rejestru. Aby uzyskać najlepsze wyniki, ważne jest, aby pobrać i zainstalować renomowany program do defragmentacji rejestru, a nie taki, który może być złośliwym oprogramowaniem. Warto również wykonać kopię zapasową rejestru systemu Windows® przed uruchomieniem nowego programu na wypadek, gdyby coś poszło nie tak. Ponadto wielu ekspertów nie zgadza się co do znaczenia defragmentowania lub czyszczenia rejestru i możliwe jest, że ten rodzaj optymalizacji systemu Windows® zapewnia nieznaczną poprawę szybkości lub jej brak. Dlatego też, jeśli użytkownik komputera chce zwiększyć szybkość swojego komputera, istnieją inne, bardziej niezawodne metody, które mogą być również bezpłatne lub niedrogie.
Istnieją setki programów do defragmentacji rejestru dostępnych za darmo lub za jednorazową opłatą. Podobnie jak programy antywirusowe, nie wszystkie z tych narzędzi do defragmentacji można bezpiecznie zainstalować i należy zachować ostrożność przy wyborze nowego oprogramowania. Niektóre programy to złośliwe oprogramowanie, które zgłasza fałszywe błędy rejestru i wymaga od użytkownika zapłaty za ich usunięcie. Te programy i sprzedające je strony internetowe często stosują taktykę zastraszania; na przykład wyskakujące okienko może informować, że komputer użytkownika został przeskanowany, a błędy krytyczne muszą zostać natychmiast naprawione. Użytkownikowi komputera zazwyczaj zaleca się zakup drogiego programu naprawczego, aby zapobiec uszkodzeniu komputera lub znacznemu spowolnieniu.
Gdy użytkownik komputera znajdzie renomowany program z pozytywnymi recenzjami, może wykonać kopię zapasową rejestru. Dzięki utworzeniu kopii zapasowej rejestru, jeśli defragmentacja rejestru w jakiś sposób uszkodzi plik lub w inny sposób zaburzy rejestr, pliki można przywrócić do pierwotnego stanu. Niektóre programy narzędziowe rejestru automatycznie monitują użytkownika o wykonanie kopii zapasowej rejestru i mogą nawet mieć możliwość wykonania tego samodzielnie, ale inne programy pozostawiają to zadanie wyłącznie użytkownikowi. Zwykle, jeśli program nie ma takiej możliwości, system operacyjny Windows® może to zrobić.
Wreszcie, czy użytkownik komputera powinien w ogóle edytować rejestr, jest bardzo dyskusyjnym pytaniem. Wielu ekspertów twierdzi, że narzędzia do czyszczenia i defragmentacji rejestru nie zwiększają zauważalnie wydajności, a ktoś nieznający rejestru systemu Windows® może go łatwo uszkodzić. Istnieje również mnóstwo sposobów na zwiększenie wydajności komputera bez konieczności dostrajania delikatnego systemu. Na przykład, niektóre sposoby na zwiększenie wydajności komputera to usuwanie nadprogramów, przełączanie się na program antywirusowy o mniejszym zużyciu zasobów i ustawianie komputera tak, aby nie otwierał rzadko używanych programów po uruchomieniu.