Często uważa się, że środki antyseptyczne i antybiotyki są takie same ze względu na ich wspólne właściwości, ale istnieje kilka kluczowych różnic, które je odróżniają. Zazwyczaj środki antyseptyczne osłabiają i spowalniają wzrost bakterii i innych mikroorganizmów, co z kolei pomaga zapobiegać dalszemu zakażaniu przez bakterie. Jednak antybiotyki faktycznie zabijają bakterie, a także niektóre rodzaje grzybów i pasożytów. W przeciwieństwie do większości środków antyseptycznych, po długotrwałym stosowaniu bakterie mogą stać się oporne na antybiotyki. Niektóre środki antyseptyczne mogą utrudniać proces gojenia i pogarszać stan rany.
Jedną z głównych różnic między środkami antyseptycznymi a antybiotykami jest ich działanie przeciwko bakteriom i innym mikroorganizmom. Antyseptyki tylko spowalniają wzrost bakterii, zamiast je zabijać. Jednak w przeciwieństwie do antybiotyków, antyseptyki są również skuteczne w przypadku innych mikroorganizmów, co czyni je potencjalnie korzystnymi w zwalczaniu innych infekcji. Antybiotyki zabijają bakterie, ale uważa się, że są nieskuteczne w przypadku wielu innych rodzajów infekcji. Uważa się, że antybiotyki mogą zwalczać niektóre pasożyty i grzyby w organizmie, ale zwykle wymagają recepty, ponieważ są uważane za silniejsze.
Ważną różnicą między środkami antyseptycznymi a antybiotykami jest to, że bakterie prawdopodobnie rozwiną odporność na niektóre antybiotyki po długotrwałym stosowaniu lub jeśli terapia antybiotykowa nie została zakończona. Nie potwierdzono, że bakterie mają taką samą reakcję przy długotrwałym stosowaniu środków antyseptycznych. Aby zapobiec odporności na antybiotyki, pracownik służby zdrowia może zalecić pełne zakończenie antybiotykoterapii, aby upewnić się, że wszystkie bakterie zostały zabite lub stosowanie różnych antybiotyków w przypadku niektórych chorób.
Niektóre rodzaje środków antyseptycznych mogą również hamować gojenie i podrażniać skórę i często wymagają określonych metod stosowania. Na przykład nadtlenek wodoru może wymagać całkowitego wyschnięcia obszaru przed użyciem bandaża, podczas gdy fenol może powodować dalsze uszkodzenia skóry, jeśli bandaż jest używany. Nie są znane podobne skutki uboczne antybiotyków. W związku z tym, jeśli istnieje możliwość wyboru między środkami antyseptycznymi a antybiotykami w leczeniu ran skóry, ogólnie zaleca się stosowanie kremu z antybiotykiem.
Ze względu na ograniczoną funkcję antyseptyków są one zwykle stosowane miejscowo, aby zapobiec przedostawaniu się większej liczby bakterii i innych mikroorganizmów do otwartych ran, ale istnieją pewne doustne środki antyseptyczne. Istnieje kilka rzadkich przypadków, w których środki antyseptyczne i antybiotyki mogą być opcją leczenia tej samej infekcji, takiej jak niektóre infekcje dróg moczowych. W takim przypadku nasilenie i rodzaj infekcji dróg moczowych może decydować o dokładnym leczeniu. Antybiotyki są przyjmowane głównie doustnie, zwykle w postaci penicyliny, w celu zwalczenia infekcji wewnątrz organizmu. Istnieje niewiele antybiotyków, które można przyjmować miejscowo i podobnie jak w przypadku antybiotyków doustnych, zwykle wymagają one recepty.