Istnieje szereg zagrożeń związanych ze stosowaniem antybiotyków, które należy wziąć pod uwagę przy podejmowaniu decyzji o zastosowaniu antybiotyków. Historycznie rzecz biorąc, przepisywanie antybiotyków było poważnym problemem, częściowo ze względu na presję pacjentów, a lekarze obecnie zastanawiają się nad sposobem przepisywania i stosowania tych leków. Pacjenci, którzy uczą się o zagrożeniach związanych z przyjmowaniem antybiotyków, mogą dokonywać bardziej świadomych wyborów dotyczących przyjmowanych leków.
Jednym z największych zagrożeń jest ryzyko środowiskowe, czyli zwiększona oporność na antybiotyki. Im częściej przepisywane są antybiotyki, tym bardziej prawdopodobne jest, że organizm rozwinie oporność. Osoby z osłabionym układem odpornościowym są poważnie zagrożone, jeśli zostaną zakażone organizmami odpornymi na leki, a w przeciwnym razie zdrowe osoby mogą umrzeć lub doświadczyć poważnych komplikacji medycznych z oporną infekcją. Dla dobra całej społeczności wiele autorytetów medycznych zaleca ograniczenie stosowania antybiotyków.
U osób, innym ryzykiem związanym ze stosowaniem antybiotyków jest to, że leki te są często przepisywane na schorzenia, których nie mogą leczyć. Infekcje ucha, kaszel i przeziębienia są często powodowane przez wirusy, a nie bakterie. Ten stan ustępuje samoistnie bez leczenia. Przepisywanie antybiotyków w takich przypadkach nie jest konieczne i naraża pacjentów na ryzyko działań niepożądanych antybiotyków.
Skutki uboczne antybiotyków obejmują ciężkie reakcje alergiczne, biegunkę, nudności, wymioty i wysypki. Antybiotyki zabijają dobre bakterie razem ze złymi i zaburzają równowagę flory jelitowej, przyczyniając się do zaburzeń żołądkowo-jelitowych. Inne zagrożenia związane ze stosowaniem antybiotyków obejmują szkodliwe interakcje leków. Antybiotyki mogą reagować z wieloma lekami, od hormonalnej antykoncepcji po leki rozrzedzające krew, powodując potencjalnie poważne komplikacje medyczne.
Ryzyko związane ze stosowaniem antybiotyków obejmuje podatność na infekcje oportunistyczne u osób przyjmujących antybiotyki oraz osłabioną odpowiedź immunologiczną u osób, które intensywnie stosowały te leki w ciągu swojego życia. Niektóre badania nad ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV) sugerują, że osoby z osłabionym układem odpornościowym są bardziej narażone na zakażenie wirusem HIV i że są bardziej narażone na rozwój wysokiego miana wirusa, który rozwinie się w pełnoobjawowy nabyty zespół niedoboru odporności ( AIDS).
Kiedy przepisywane są antybiotyki, zaleca się zapytać lekarza, dlaczego leki są przepisywane, jak powinny być stosowane i czy są dostępne alternatywne metody leczenia. Pacjenci mogą chcieć zapytać, czy infekcja samoistnie ustąpi bez podawania antybiotyków. Powinni również zapytać, jak odpowiedzialnie pozbyć się resztek leków.