Chirurgia rekonstrukcyjna narządów płciowych zwykle odnosi się do operacji korekcji wad wrodzonych lub wad rozwojowych w okolicy narządów płciowych spowodowanych urazem lub chorobą. Ten rodzaj operacji można również nazwać operacją interpłciową, mającą na celu korekcję wad u niemowląt urodzonych z niejednoznacznymi zewnętrznymi narządami płciowymi. Operacja zmiany płci jest inną formą operacji rekonstrukcji narządów płciowych wybieraną przez osoby transpłciowe lub transseksualne. Chirurgia rekonstrukcyjna narządów płciowych może być wykonywana ze względów kosmetycznych, podczas gdy inne operacje mogą umożliwić normalne funkcjonowanie seksualne.
Operacje rekonstrukcyjne narządów płciowych międzypłciowych mogą być wykonywane u niemowląt, dzieci lub dorosłych urodzonych z wadami wrodzonymi. U kobiet operacja może zmniejszyć rozmiar łechtaczki, stworzyć otwór na miesiączkę i usunąć jądra. Operacje na małych chłopcach mogą leczyć niezstąpione jądra i otwierać drogę w penisie do oddawania moczu. Operacje te zwykle mają na celu sprawienie, by genitalia wyglądały normalnie u dziecka urodzonego z narządami płciowymi, które nie rozwijają się jako czysto męskie lub żeńskie.
Operacja rekonstrukcyjna transseksualnych narządów płciowych może zmienić wygląd narządów płciowych z żeńskich na męskie. Implanty prącia i tworzenie moszny z tkanki pobranej z innego miejsca na ciele to dwie powszechne procedury. Implanty z soli fizjologicznej lub żelowe umieszczane w nowej mosznie często występują w chirurgii rekonstrukcyjnej narządów płciowych żeńskich i męskich. Operacje te mogą obejmować tworzenie penisa z tkanki pobranej z jamy ustnej lub pochwy. Wszczepiony pręt lub urządzenie pompujące może umożliwić erekcję, jeśli mikrochirurgia z powodzeniem ponownie połączy naczynia krwionośne i nerwy.
Operacja rekonstrukcji narządów płciowych z korektą płci u mężczyzn może obejmować wykorzystanie części penisa zawierającej zakończenia nerwowe do stworzenia łechtaczki. Może to pozwolić transseksualistom z mężczyzny na kobietę zachować czucie i zdolność do osiągnięcia orgazmu. Operacja może również obejmować użycie tkanki z penisa lub moszny do stworzenia pochwy. Gdy ta tkanka nie jest odpowiednia, część okrężnicy może zostać wykorzystana do wymodelowania pochwy. Przeszczepiona tkanka może również służyć jako wewnętrzne i zewnętrzne wargi pochwy.
Chirurgia rekonstrukcyjna narządów płciowych może być również poszukiwana z powodów czysto kosmetycznych. Niektórzy mężczyźni rodzą się z moczem otwierającym się na spodzie penisa lub penisem, który się zakrzywia. Otyli mężczyźni mogą zauważyć, że ich penisy nie są widoczne, ponieważ są otoczone tłuszczem. Operacje mające na celu skorygowanie tych wad są zazwyczaj wykonywane przez chirurga plastycznego.
Kobieta może chcieć operacji zaciśnięcia pochwy rozciągniętej podczas porodu. Inne zabiegi rekonstrukcyjne mogą zmniejszyć rozmiar okolicy łonowej, operacja zwana labioplastyką, gdy powoduje nieestetyczne wybrzuszenie przez ubranie. Nadmiar tłuszczu można również usunąć poprzez liposukcję.