Chociaż dostępnych jest wiele antybiotyków do leczenia infekcji bakteryjnych, niektóre rodzaje są uważane za najlepsze w leczeniu chlamydii. Dwa antybiotyki pierwszego wyboru na chlamydię przepisywane przez większość lekarzy to azytromycyna i doksycyklina. Erytromycyna, ofloksacyna i lewofloksacyna to wszystkie leki, które również mogą być przepisywane, a amoksycylinę czasami stosuje się w leczeniu kobiet w ciąży. Każdy lek ma zalety i wady w odniesieniu do schematu dawkowania, ceny i skutków ubocznych.
Azytromycyna jest uważana za jeden z dwóch najlepszych antybiotyków w leczeniu chlamydii. Jest bardzo łatwy do przyjęcia, wymaga tylko jednej dawki i leczy chorobę w 95% przypadków. Osoby z przewlekłymi, nawracającymi przypadkami chlamydii radzą sobie szczególnie dobrze podczas leczenia tym lekiem i uważa się, że można go bezpiecznie stosować w czasie ciąży. Wadą leku jest to, że jest on droższy niż inne metody leczenia i może powodować nudności lub wymioty.
Drugim z najkorzystniejszych antybiotyków na chlamydię jest doksycyklina. Ten lek jest stosowany w leczeniu chlamydii dłużej niż jakikolwiek inny i, podobnie jak azytromycyna, ma 95% wskaźnik skuteczności, jeśli jest przyjmowany prawidłowo. Dawkowanie jest jednak znacznie mniej pożądane, ponieważ musi być przyjmowane cztery razy dziennie przez siedem dni, co zwiększa prawdopodobieństwo, że pacjenci nie będą stosować się do schematu prawidłowo lub do końca. Może również powodować nudności, wymioty i infekcje drożdżakowe u kobiet i nie należy go przyjmować podczas ciąży lub karmienia piersią. Jedną z jego zalet jest to, że jest tańszy niż azytromycyna.
Istnieje kilka innych leków, które można przepisać jako antybiotyki na chlamydię, o których wiadomo, że są skuteczne w leczeniu tej choroby. Ofloksacyna i lewofloksacyna, dwa podobne leki, mają wskaźniki wyleczenia porównywalne z azytromycyną i doksycykliną, ale kosztują więcej i wymagają siedmiodniowych schematów dawkowania, a także stwarzają ryzyko uszkodzenia ścięgien podczas stosowania. Dlatego mają niewielką przewagę nad innymi lekami. Inną opcją jest erytromycyna; jest tańszy niż inne leki i mogą go przyjmować kobiety w ciąży, ale jest mniej skuteczny niż niektóre inne leki, musi być przyjmowany przez siedem dni i może powodować silne nudności i wymioty. Czasami zaleca się również amoksycylinę w leczeniu kobiet w ciąży z chlamydią, chociaż jej wskaźnik wyleczenia nie jest tak wysoki jak azytromycyny i musi być również przyjmowany przez siedem dni, aby był skuteczny.