Trudno udzielić dokładnej odpowiedzi na pytanie, czy cyprofloksacyna jest bezpieczna dla dzieci. Z jednej strony lekarze przepisują go dzieciom, kiedy uznają to za konieczne, a większość dzieci, które go przyjmują, robi to bez żadnych poważnych skutków ubocznych. Lek wiąże się jednak z szeregiem działań niepożądanych, których większość lekarzy woli unikać u swoich małych pacjentów. Jako taki, lek jest zwykle uważany za dopuszczalny w leczeniu poważnych infekcji bakteryjnych, ale nie jest wystarczająco bezpieczny, aby jego rutynowe stosowanie w przypadku powszechnych infekcji bakteryjnych, jakie może rozwinąć się u dziecka. Gdy istnieje inny lek o mniejszym ryzyku, który jest uważany za skuteczny, lekarze częściej wybierają alternatywę i oszczędzają cyprofloksacynę, gdy alternatywy są mniej skuteczne.
Lekarze zazwyczaj zachowują ostrożność przepisując cyprofloksacynę dzieciom, ponieważ lek ten wiąże się z szeregiem poważnych skutków ubocznych, z których niektóre mogą stanowić większe ryzyko dla dzieci niż dla dorosłych. Lekarze zazwyczaj rezerwują jego zastosowanie w sytuacjach, w których korzyści znacznie przewyższają ryzyko związane z jego stosowaniem lub gdy nie ma innych leków, które mogłyby okazać się skuteczne przeciwko bakteriom. Na przykład lekarz może być bardziej skłonny do przepisania go, gdy dziecko ma potencjalnie zagrażającą życiu infekcję niż w przypadku podstawowej infekcji ucha.
Wśród skutków ubocznych, które sprawiają, że lekarze ostrożnie podchodzą do stosowania cyprofloksacyny u dzieci, są takie, jak zmiany krwinek; zaburzenia widzenia; oraz zaburzenia, które wpływają na ważne narządy, w tym wątrobę lub nerki. Zmiany tętna, obniżone ciśnienie krwi, zawroty głowy i omdlenia oraz nadwrażliwość na światło mogą również wynikać ze stosowania tego leku. Zgłaszano nawet takie problemy, jak drżenie, halucynacje i epizody psychotyczne. Te poważne działania niepożądane występują stosunkowo rzadko, ale są na tyle niepokojące, że można poświęcić chwilę na rozważenie przepisania cyprofloksacyny dzieciom.
Nie wszystkie działania niepożądane cyprofloksacyny są poważne. Istnieje również wiele stosunkowo niewielkich skutków ubocznych, które lek może powodować u dzieci, ponieważ są one czasami bardziej podatne na działanie leków niż dorośli. Obejmują nudności, wymioty i biegunkę, a także bóle głowy, wysypki, utratę apetytu, niepokój i zmęczenie. Niektórzy pacjenci mogą nawet rozwinąć ból stawów i infekcje grzybicze w związku ze stosowaniem cyprofloksacyny u dzieci. Lekarze mogą chcieć przepisać alternatywny lek, aby uniknąć również tych skutków ubocznych.