Η πλειοψηφία των αποβολών οφείλεται σε αιτίες που δεν μπορούν να εντοπιστούν. Ένας μεγάλος αριθμός προκαλείται από χρωμοσωμικές ανωμαλίες, ορμόνες και επιλογές τρόπου ζωής. Συχνά υπάρχουν προβλήματα με την εμφύτευση ή η ηλικία της μητέρας μπορεί να είναι ένας παράγοντας. Μερικές φορές, η απόρριψη ιστού ή η μόλυνση αναφέρεται ως αιτία. Υπάρχουν πολλοί λόγοι για αποβολή, και ενώ οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες είναι πιθανώς οι πιο συχνές, διάφορα χαρακτηριστικά των γονέων του παιδιού μπορούν να κάνουν άλλους παράγοντες πιο πιθανούς.
Οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες είναι ένας από τους πιο συνηθισμένους λόγους για αποβολή. Τα προβλήματα με τα χρωμοσώματα είναι σχεδόν εντελώς τυχαία, αν και τα γονίδια των γονέων μπορεί να προκαλέσουν αποβολή. Είναι πολύ πιο πιθανό η απώλεια του εμβρύου να προκληθεί από ελαττωματικό ωάριο ή σπέρμα, το οποίο μπορεί να μην αντιπροσωπεύει τη συνολική ποιότητα του αναπαραγωγικού δυναμικού των γονέων. Εάν συμβούν επαναλαμβανόμενες αποβολές, τότε είναι πιο πιθανό το γενετικό ζήτημα να βρίσκεται σε έναν από τους γονείς.
Τα προβλήματα υγείας της μητέρας είναι επίσης κοινές αιτίες αποβολής. Η ανεπάρκεια προγεστερόνης είναι ένα ιδιαίτερα κοινό πρόβλημα υγείας για τις μητέρες που μερικές φορές οδηγεί σε αυθόρμητες αποβολές. Η μόλυνση μπορεί να προκαλέσει αποβολή, αλλά αυτό είναι ένα πρόβλημα που μερικές φορές μπορεί να αποφευχθεί. Ορισμένες ασθένειες όπως ο διαβήτης χωρίς θεραπεία ή το σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών θέτουν τις γυναίκες σε υψηλότερο κίνδυνο αποβολής, αλλά αυτό δεν είναι ένα ιδιαίτερα κοινό πρόβλημα στον πληθυσμό, επειδή συνήθως είναι γνωστό πριν από την απόπειρα εγκυμοσύνης. Η ηλικία της μητέρας, αν και δεν αποτελεί πρόβλημα υγείας, συσχετίζεται επίσης με υψηλότερα ποσοστά αποβολών.
Συνήθως, οι τρόποι ζωής που επηρεάζουν αρνητικά το έμβρυο διακόπτονται μόλις ανακαλυφθεί η εγκυμοσύνη, επομένως τα προβλήματα συμπεριφοράς είναι σχετικά ασυνήθιστοι λόγοι για αποβολή. Οι γυναίκες που συνεχίζουν να ασχολούνται με δραστηριότητες όπως το κάπνισμα, η υπερβολική κατανάλωση αλκοόλ και η χρήση καφεΐνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης μπορεί να εμφανίσουν αποβολές σε υψηλότερο ποσοστό. Ορισμένα φάρμακα μπορεί επίσης να έχουν επίδραση στην εγκυμοσύνη. Οι περισσότερες γυναίκες φροντίζουν πολύ να διασφαλίζουν την ασφάλεια του εμβρύου, γεγονός που καθιστά αυτούς τους ολοένα και συχνότερους λόγους για αποβολή.
Πολλές δραστηριότητες που συνήθως θεωρούνται ότι προκαλούν αποβολές είναι στην πραγματικότητα αρκετά ασφαλείς. Οι γυναίκες μπορούν να συνεχίσουν να εργάζονται, να ασκούνται και να έχουν σεξουαλική επαφή χωρίς να θέτουν επιπλέον κίνδυνο για το έμβρυο. Ακόμη και λόγοι όπως το μητρικό τραύμα είναι απίθανο να προκαλέσουν αποβολή, καθώς στα πρώτα στάδια της εγκυμοσύνης, το έμβρυο προστατεύεται ιδιαίτερα από το σώμα της μητέρας. Μόνο σοβαρό τραύμα και ακραίες δραστηριότητες είναι πιθανό να προκαλέσουν αποβολή.
Ενώ ορισμένοι λόγοι για αποβολή είναι πιο συνηθισμένοι στον κόσμο, όταν εξετάζουμε συγκεκριμένες ομάδες, διαφορετικοί λόγοι ανεβαίνουν στην κορυφή της λίστας. Για παράδειγμα, μεταξύ των ομάδων που συνήθως συμμετέχουν σε επικίνδυνες δραστηριότητες χωρίς πρόσβαση σε ιατρική περίθαλψη, όπως οι τοξικομανείς, οι επιλογές του τρόπου ζωής είναι ένας από τους πιο συνηθισμένους λόγους για αποβολή. Στην πραγματικότητα, διαφορετικές ομάδες έχουν πολύ διαφορετικά ποσοστά αποβολής, γεγονός που μπορεί να δώσει σε μια μητέρα μια λανθασμένη εκτίμηση του κινδύνου της. Εάν οι γονείς ανησυχούν για την πιθανότητα αποβολής, μια διαβούλευση με έναν γιατρό μπορεί συνήθως να παρέχει μια λογική εκτίμηση της ασφάλειας.