Η παρουσία βακτηρίων στο σπέρμα θεωρείται φυσιολογική στις περισσότερες περιπτώσεις, καθώς οι καλλιέργειες βρίσκονται φυσικά στο εσωτερικό του ουροποιητικού και των γεννητικών οδών. Σε ορισμένες περιπτώσεις, αυτά τα υγιή βακτήρια μπορούν να αναπτυχθούν ανεξέλεγκτα, οδηγώντας σε μόλυνση. Μια μόλυνση στο εσωτερικό του πέους ή του προστάτη μπορεί να οδηγήσει σε υψηλά επίπεδα βακτηρίων στο σπέρμα. Η σεξουαλική επαφή με έναν μολυσμένο σύντροφο θα μπορούσε επίσης να οδηγήσει σε μόλυνση στα γεννητικά όργανα ή στο ουροποιητικό σύστημα, αν και αυτό είναι λιγότερο πιθανό να συμβεί.
Όλα τα υγιή αρσενικά έχουν κάποιο επίπεδο βακτηρίων στο σπέρμα τους. Αυτή η φυσιολογικά απαντώμενη χλωρίδα αποικίζεται στο αναπαραγωγικό και το ουροποιητικό σύστημα και συνήθως δεν προκαλούν καμία βλάβη. Στα αρσενικά που δεν έχουν υποβληθεί σε περιτομή, τα βακτήρια μπορεί επίσης να αποικιστούν πίσω από την ακροποσθία. Η υπερανάπτυξη αυτού του βακτηρίου μπορεί να αποφευχθεί με τη σωστή υγιεινή. Όσοι δεν πλένονται σωστά πίσω από την ακροποσθία τους θα μπορούσαν να πάθουν λοίμωξη του ουροποιητικού συστήματος ή περισσότερα από το μέσο όρο βακτήρια στο σπέρμα τους.
Ο αποικισμός βακτηρίων δεν θεωρείται λοίμωξη. Μια λοίμωξη συνήθως σχετίζεται με πρόσθετα συμπτώματα, όπως συχνοουρία ή επείγουσα ανάγκη. Άλλα σημάδια λοίμωξης περιλαμβάνουν πυρετό, πύον ή αίμα που προέρχεται από το πέος, ασυνήθιστη έκκριση ή πόνο. Μερικές φορές δεν υπάρχει γνωστή αιτία μόλυνσης. Τα φυσιολογικά βακτήρια μπορούν να αναπτυχθούν πιο γρήγορα από ό,τι συνήθως για διάφορους λόγους, όπως ορμονικά προβλήματα, ασυνήθιστο στρες ή άλλη ασθένεια.
Μεγάλες ποσότητες βακτηρίων στο σπέρμα μπορεί επίσης να προκληθούν από μόλυνση μέσω του σεξ με έναν μολυσμένο σύντροφο. Οι γυναίκες με βακτηριακή κολπική λοίμωξη μπορούν να μεταδώσουν επιβλαβή βακτήρια μέσω της σεξουαλικής επαφής. Αυτό δεν θεωρείται το ίδιο με τα σεξουαλικά μεταδιδόμενα νοσήματα, τα οποία προκαλούνται κυρίως από ιούς. Όταν συμβεί αυτό, οι άνδρες τυπικά θα παρατηρήσουν συμπτώματα μόλυνσης. Ο γιατρός είναι γενικά αυτός που ανιχνεύει βακτήρια στο σπέρμα.
Το πρήξιμο του προστάτη μπορεί επίσης να οδηγήσει σε μόλυνση επειδή ο διογκωμένος αδένας του προστάτη δεν επιτρέπει στην ουροδόχο κύστη να αδειάσει εντελώς. Στη συνέχεια, τα βακτήρια αφήνονται να αναπτυχθούν μέσα στην ουροδόχο κύστη και στη συνέχεια μπορούν να μεταναστεύσουν στην γεννητική οδό. Αυτή η πάθηση είναι πολύ πιο συχνή στους ηλικιωμένους άνδρες επειδή είναι επιρρεπείς σε διόγκωση του προστάτη.
Στις περισσότερες περιπτώσεις, η θεραπεία για μεγάλες ποσότητες βακτηρίων στο σπέρμα περιλαμβάνει τη χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων. Ο ακριβής τύπος του φαρμάκου που χρησιμοποιείται θα εξαρτηθεί από τον τύπο των βακτηρίων που υπάρχουν. Σε σπάνιες περιπτώσεις, ένα αρσενικό χωρίς περιτομή μπορεί να αφαιρέσει την ακροποσθία του λόγω επαναλαμβανόμενης μόλυνσης, εάν τα βακτήρια προέρχονται από υπερανάπτυξη κάτω από την ίδια την ακροποσθία. Αυτό είναι ασυνήθιστο στους άνδρες που εφαρμόζουν τη σωστή υγιεινή. Οι άνδρες με διευρυμένο προστάτη λαμβάνουν συχνά φάρμακα για να μειώσουν το πρήξιμο και οι υποκείμενες παθήσεις του προστάτη μπορούν επίσης να αντιμετωπιστούν.