Μπορεί να μην είναι ασφαλές η χρήση ψευδοεφεδρίνης στην εγκυμοσύνη, ωστόσο, οι γυναίκες θα πρέπει να συμβουλεύονται τους γιατρούς τους πριν λάβουν την τελική απόφαση. Η λήψη αυτού του φαρμάκου κατά το πρώτο τρίμηνο της εγκυμοσύνης δεν έχει συνδεθεί οριστικά με επιβλαβείς γενετικές ανωμαλίες. Ο Οργανισμός Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ (FDA) δεν πιστεύει ότι έχουν διεξαχθεί αρκετές τελικές δοκιμές σε ανθρώπους ασθενείς για να αξιολογηθεί το φάρμακο ως ασφαλές και δεν συνιστά τη χρήση του σε έγκυες γυναίκες.
Στις ΗΠΑ, η ψευδοεφεδρίνη έλαβε βαθμολογία εγκυμοσύνης της κατηγορίας C. Η κατηγορία Α δίνεται σε φάρμακα που έχουν δοκιμαστεί εκτενώς και δεν έχουν δείξει σημάδια βλάβης στη μητέρα ή στο έμβρυο είτε κατά το πρώτο τρίμηνο είτε σε οποιοδήποτε επόμενο περίοδο της εγκυμοσύνης. Τα φάρμακα λαμβάνουν βαθμολογία Κατηγορίας Β που έχουν δοκιμαστεί σε έγκυα ζώα και δεν έχουν δείξει στοιχεία βλάβης στη μητέρα ή το μωρό, αλλά δεν έχουν δοκιμαστεί σε κανέναν άνθρωπο έγκυο ασθενή. Η κατηγορία Γ αποδίδεται σε εκείνα τα φάρμακα που έχουν βλάψει τη μητέρα ή το έμβρυο κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης σε μελέτες σε ζώα και που δεν έχουν δοκιμαστεί σε έγκυες ασθενείς. Οι κατηγορίες D και X προορίζονται για εκείνα τα φάρμακα που είναι γνωστό ότι προκαλούν εμβρυϊκές ανωμαλίες και μπορούν να θέσουν σε κίνδυνο την υγεία της μητέρας, τόσο σε δοκιμές σε ανθρώπους όσο και σε ζώα.
Η βαθμολογία Κατηγορίας C που εκχωρήθηκε από το FDA σχετικά με τη χρήση ψευδοεφεδρίνης στην εγκυμοσύνη υποδεικνύει ότι τα οφέλη του φαρμάκου για τη μητέρα ενδέχεται, σε ορισμένες περιπτώσεις, να υπερτερούν των πιθανών παρενεργειών. Οι δοκιμές σε ζώα, αν και είναι πρόδρομος των δοκιμών σε ανθρώπους, δεν παράγουν πάντα τα ίδια αποτελέσματα. Ένας έγκυος αρουραίος μπορεί να γεννήσει ένα παραμορφωμένο μωρό όταν του χορηγηθεί ψευδοεφεδρίνη, ενώ μια έγκυος ανθρώπινη μητέρα που παίρνει το ίδιο φάρμακο γεννά ένα τέλεια σχηματισμένο και υγιές μωρό. Ωστόσο, οι κίνδυνοι που συνδέονται με αυτό το φάρμακο κατά τη διάρκεια δοκιμών σε ζώα μπορεί να καταστήσουν απίθανες τις εκτεταμένες δοκιμές σε ανθρώπους ασθενείς.
Οι πιθανές παρενέργειες της χρήσης ψευδοεφεδρίνης στην εγκυμοσύνη περιλαμβάνουν γαστροσχισία και ατρησία λεπτού εντέρου. Η γαστροσχίση είναι μια κατάσταση που προκαλείται από την αδυναμία του κοιλιακού τοιχώματος του μωρού να κλείσει τελείως κατά την ανάπτυξη. Αυτό το άνοιγμα είναι συνήθως δίπλα στον ομφάλιο λώρο και μερικά από τα έντερα του μωρού μπορεί να σπρώξουν μέσα από το άνοιγμα. Αυτή η κατάσταση είναι ανιχνεύσιμη με υπερήχους και μπορεί να διορθωθεί μέσω χειρουργικής επέμβασης που πραγματοποιείται σχετικά σύντομα μετά τη γέννηση.
Η ατρησία του λεπτού εντέρου εμφανίζεται όταν ένα τμήμα του λεπτού εντέρου είτε κλείνει είτε αποσυνδέεται κατά την ανάπτυξη του εμβρύου. Αυτή η κατάσταση μπορεί επίσης να ανιχνευθεί με υπερηχογράφημα ή να διαγνωστεί αμέσως μετά τη γέννηση. Τα νεογνά με αυτή την πάθηση έχουν συχνά ένα μεγάλο, διατεταμένο στομάχι που υποδηλώνει την αδυναμία των αποβλήτων να περάσουν από τα έντερα. Αυτός ο τύπος ελαττώματος γενικά διορθώνεται μέσω χειρουργικής επέμβασης αμέσως μετά τον τοκετό.
Αυτές οι ασθένειες συνδέονται μόνο υπό όρους με τη χρήση ψευδοεφεδρίνης στην εγκυμοσύνη και δεν συνδέονται οριστικά με το φάρμακο. Άλλα φάρμακα και γενετικοί παράγοντες δεν μπορούν ακόμη να παραβλεφθούν σε εκείνες τις περιπτώσεις όπου έχουν εντοπιστεί αυτά τα ελαττώματα. Το έμβρυο ολοκληρώνει το μεγαλύτερο μέρος της μυϊκής, νευρικής και σκελετικής του ανάπτυξης κατά το πρώτο τρίμηνο της εγκυμοσύνης. Μερικοί γιατροί μπορεί να πιστεύουν ότι η λήψη αυτού του φαρμάκου σε μεταγενέστερα στάδια της εγκυμοσύνης, όπως το δεύτερο ή τρίτο τρίμηνο, ενέχει λιγότερο κίνδυνο για το μωρό και παρέχει σημαντικό όφελος στη μητέρα και μπορεί να συστήσει τη χρήση του στους ασθενείς τους.