Jedną z głównych przyczyn drenażu zatok jest po prostu życie. Każdego dnia ludzkie ciało wytwarza kilka litrów płynu zatokowego i śluzu, a cała ta naturalna ciecz musi gdzieś trafić. W przypadku drenażu zatok płyn z przewodów nosowych i zatok spływa do tylnej części gardła, gdzie jest połykany kilka razy na minutę. Ostatecznie większość normalnego drenażu jest usuwana przez nerki jako część moczu. Jednak nieprawidłowe rodzaje drenażu mogą być spowodowane takimi czynnikami, jak infekcje bakteryjne, infekcje wirusowe, alergeny, choroba refluksowa, drażniące opary lub odwodnienie.
Niektóre osoby mogą odczuwać drenaż zatok w postaci kataru po zjedzeniu pikantnych potraw lub wdychaniu drażniącego zapachu. Gruczoły wytwarzające śluz w okolicy nosa reagują na takie czynniki drażniące, zwiększając wytwarzanie wodnistej cieczy o konsystencji podobnej do śliny. Zalewając dotknięty obszar, organizm ma nadzieję zmyć czynniki drażniące i zmniejszyć stan zapalny, który wywołują. Ten rodzaj drenażu jest na ogół cienki i przejrzysty i swobodnie spływa z tyłu gardła lub z przewodów nosowych. Gdy drażniący zniknie, drenaż na ogół wraca do normy.
Inną przyczyną nieprawidłowego drenażu zatok może być infekcja bakteryjna lub wirusowa, najprawdopodobniej przeziębienie lub grypa. Ilość zakażonego płynu zatokowego przytłacza naturalny system drenażowy, przez co zalega w przewodach nosowych i staje się grubszy. Ten gęstszy śluz uwięziony w ciemnym, wilgotnym środowisku jest idealną pożywką dla bakterii, co z kolei powoduje przebarwienia i nieprzyjemny zapach. Zakażony śluz powoli spływa do gardła i górnej części klatki piersiowej, stwarzając jeszcze więcej możliwości rozwoju bakterii lub wirusów. Leki na przeziębienie i grypę często zawierają składnik, który oddziałuje chemicznie ze śluzem i rozrzedza go w celu lepszego drenażu. Leki zatokowe próbują również zmniejszyć obrzęk zatok, co z kolei zapewnia lepszy drenaż.
Czasami organizm reaguje na odwodnienie, ograniczając ilość dostępnego płynu do gruczołów produkujących śluz. Jeśli dana osoba przebywała kilka godzin bez uzupełniania poziomu wody, wynikiem może być nieprawidłowy drenaż zatok. Niektórzy ludzie mogą kojarzyć tę kroplówkę z nosa z wystąpieniem przeziębienia lub alergii, ale w rzeczywistości jest to sygnał do ponownego nawodnienia. Prawidłowe nawodnienie płynami innymi niż alkohol lub napoje zawierające kofeinę powinno pomóc w ograniczeniu tego rodzaju drenażu.
Alergeny, takie jak kurz i pyłki, mogą również powodować nieprawidłowy drenaż zatok. Przewody nosowe stają się podrażnione lub zaognione w reakcji na znany alergen, a następnie zaczynają puchnąć. Naturalną reakcją organizmu jest wytwarzanie większej ilości śluzu w celu wypłukania substancji drażniącej. Zwykle ten nadmiar płynu spływa do gardła w celu eliminacji, ale gardło często puchnie podczas reakcji alergicznej. Nadmiar płynu staje się gęstszy i przebarwiony przez alergeny, powodując nieprzyjemne uczucie pełności w jamach zatok. Ta forma infekcji zatok lub zapalenia zatok może wywołać bolesny ból zatok i nadmierne kichanie lub katar. Leki alergiczne zawierające leki przeciwhistaminowe mogą być bardziej skuteczne niż leki zmniejszające przekrwienie w przypadku tego typu drenażu zatok wywołanego alergią.
Eksperci sugerują, że utrzymanie odpowiedniego nawodnienia i unikanie ekspozycji na znane alergeny może zmniejszyć nasilenie i czas trwania drenażu zatok. Osoby cierpiące powinny również znać różnicę między drenażem wywołanym przez infekcje a drenażem wywołanym przez alergeny lub czynniki drażniące. Leki zmniejszające przekrwienie działają najlepiej w przypadku drenażu opartego na infekcjach, podczas gdy leki przeciwhistaminowe mogą dawać lepsze wyniki w przypadku incydentów związanych z alergią.