Apteka wojskowa to apteka, która spełnia potrzeby wojskowego systemu opieki zdrowotnej, takiego jak TRICARE w wojsku Stanów Zjednoczonych. Apteki wojskowe wydają leki żołnierzom, ich podopiecznym i emerytom wojskowym. Apteki te działają podobnie jak apteki cywilne, z kilkoma kluczowymi różnicami. Cywile z przeszkoleniem farmaceutycznym, w tym w pełni wykwalifikowani farmaceuci, mogą otrzymać premie podpisywania, zniżki wojskowe i inne korzyści za wstąpienie do wojska w celu pracy w aptece, a osoby bez przeszkolenia, które są zainteresowane pracą w aptece, mogą przejść szkolenie po wstąpieniu do wojska, jeśli są wykwalifikowani, a wojsko potrzebuje personelu aptecznego.
Podobnie jak apteka cywilna, apteka wojskowa przechowuje w magazynie szereg potrzebnych leków, czasami nazywając je „lekami regularnymi”. Leki wymienione w receptariuszu ustanowionym przez wojsko muszą być dostępne w aptekach wojskowych, przy czym wiele aptek stosuje leki generyczne, gdy tylko jest to możliwe, aby obniżyć koszty. Leki spoza receptariusza mogą, ale nie muszą być dostępne, w zależności od danej apteki, a czasami można poczynić specjalne ustalenia, aby dostarczyć konkretny lek do konkretnej apteki.
Co do zasady apteka wojskowa działa w ramach wojskowego systemu opieki zdrowotnej. Oznacza to, że akceptuje tylko recepty od lekarzy wojskowych lub lekarzy cywilnych, którzy mają uznany związek z wojskowym systemem opieki zdrowotnej. Może znajdować się w szpitalu wojskowym, w bazie lub na pokładzie statku, a personel jest szkolony zarówno w zakresie ogólnego protokołu aptecznego, jak i protokołu specyficznego dla aptek wojskowych.
W aptece wojskowej, podobnie jak w aptekach cywilnych, recepty są realizowane tak szybko, jak to możliwe, z poczynionymi krokami w celu zapewnienia prawidłowej realizacji recept. Kroki te obejmują sprawdzenie, czy nie ma konfliktów z przyjmowanymi przez pacjenta lekami, potwierdzenie dawki przepisanej przez lekarza oraz utrzymywanie warunków w czystości i porządku, tak aby wszyscy pracownicy apteki wiedzieli, gdzie znaleźć rzeczy. Gdy pacjent prosi o konsultację, farmaceuta może udzielić wszelkiej potrzebnej porady i odpowiedzieć na pytania.
Apteki wojskowe są przystosowane do działania na wysokim poziomie efektywności, oferując jednocześnie bardzo wysoką jakość opieki. Leki są zazwyczaj bezpłatne lub zapewniają niski dopłat, w zależności od kraju i statusu pacjenta. Czasami jednak ograniczenia w aptece stają się ograniczające. Na przykład pacjenci, którzy potrzebują leków markowych, mogą nie być w stanie uzyskać do nich dostępu za pośrednictwem apteki wojskowej, jeśli lek generyczny jest dostępny, ponieważ receptariusz zawiera tylko leki generyczne.