Amerykański angielski termin cipher i głównie brytyjski wariant cipher, są używane luźno w odniesieniu do każdej zaszyfrowanej lub zaszyfrowanej wiadomości, a dokładniej w odniesieniu do wiadomości zaszyfrowanych przy użyciu tajnego klucza. Słowo to weszło do języka angielskiego poprzez starofrancuski i średniowieczną łacinę, ale wywodzi się z arabskiego słowa, które jest transliterowane w języku angielskim jako sifr, co jest wariantem słowa oznaczającego „być pustym” i odnosi się do zera, które pochodzi od ten sam korzeń arabski. W sferze kryptografii — ukrytego pisma, szyfr może być czasownikiem oznaczającym „zaszyfrować tekst” lub rzeczownikiem, odnoszącym się albo do konkretnego używanego systemu kryptograficznego, albo do klucza używanego w tym systemie, albo do tekstu przesyłanego przez ten system. Innymi słowy, szyfr to trzy różne rzeczy.
Kiedy szyfr rzeczownikowy jest używany w odniesieniu do wiadomości, która została zaszyfrowana, odnosi się to do tego, co jest bardziej szczegółowo nazywane zaszyfrowanym tekstem. Stoi to w przeciwieństwie do zwykłego tekstu, który odnosi się do zwykłego, nieprzetworzonego materiału. Zwykły tekst to to, co ma się zarówno przed szyfrowaniem, jak i po odszyfrowaniu, przy czym zaszyfrowany tekst tymczasowo zastępuje zwykły tekst w czasie, gdy jest chroniony.
W przypadku, gdy szyfr rzeczownikowy jest używany w odniesieniu do tajnego klucza, odnosi się on do wartości, która jest lub może być użyta do zaszyfrowania wiadomości w postaci zwykłego tekstu. Klucz symetryczny jest używany zarówno do szyfrowania, jak i odszyfrowywania zaszyfrowanego tekstu. Gdy używane są klucze asymetryczne, istnieje klucz do szyfrowania danych i oddzielny klucz do odszyfrowywania danych.
To prowadzi nas do znaczenia szyfru, w którym mowa o systemie szyfrowania i deszyfrowania. System wykorzystujący klucz symetryczny nazywa się szyfrowaniem klucza prywatnego. System wykorzystujący klucze asymetryczne nazywa się szyfrowaniem klucza publicznego. Inne kategorie systemów szyfrowania obejmują szyfry transpozycyjne i szyfry podstawieniowe, które opisują różne sposoby traktowania tekstu jawnego. Słynny szyfr używany przez Juliusza Cezara i często o nim wspominany był prostym szyfrem podstawieniowym. Szyfry są również klasyfikowane jako szyfry blokowe lub szyfry strumieniowe.
Szyfry służą do ułatwienia prywatnej komunikacji wielu typów. Szyfry mogą być używane przez rząd, szpiega, firmę lub terrorystę. Szyfrów używa się na przykład w Internecie do transakcji e-mailowych i kart kredytowych. Oprócz tego, że wiadomości nie mogą być odczytane przez osoby, dla których nie były przeznaczone, szyfry pomagają również w uwierzytelnianiu wiadomości, zapewniając odbiorcę, że wiadomość pochodzi od nadawcy, od którego rzekomo pochodzi.