Istnieje wiele różnych definicji terminu zarządzanie ekosystemem, ale w każdym z nich są dwa wspólne tematy. Po pierwsze, zarządzanie ekosystemem powinno albo utrzymywać ekosystem, albo go ulepszać. Po drugie, kierownictwo powinno dostarczać produkty lub usługi obecnym i przyszłym użytkownikom ekosystemu.
Ekosystem składa się ze wszystkich gatunków, w tym ludzi, żyjących w określonym środowisku fizycznym. Składa się z żywych i nieożywionych składników, które współdziałają, tworząc stabilny i samonapędzający się system. Ekosystem jest stabilny, ponieważ może dostosowywać się do zmian od wewnątrz i samoutrwalać bez ingerencji ludzi lub innych gatunków. Przykładami ekosystemów są lasy iglaste w Ameryce Północnej, lasy wodorostów morskich w oceanie i tropikalne lasy deszczowe.
Jeśli konkretna część ekosystemu zostanie usunięta szybciej, niż może zostać uzupełniona, cały system może być w tarapatach. Może to być spowodowane inwazją nowego gatunku lub użytkowaniem i eksploatacją części ekosystemu przez ludzi. Nie ma znaczenia, jaka część ekosystemu jest usuwana, efekty są takie same.
Istnieje wiele przykładów nadmiernej eksploatacji gatunku przez ludzi, w tym gigantyczne sekwoje w Kalifornii, wiele różnych gatunków dużej zwierzyny łownej w Afryce i wieloryby na całym świecie. Nagłośniono dziesiątkowanie populacji wielorybów poprzez polowania. Ochrona nie oznacza, że żadna roślina ani zwierzę nie mogą zostać zniszczone. Zamiast tego usuwanie odbywa się w sposób kontrolowany, więc nic nie jest usuwane z ekosystemu szybciej niż można je zastąpić. Ochrona poprzez zarządzanie ekosystemami oznacza, że cały ekosystem może być zachowany, zapewniając jednocześnie obecnym i przyszłym użytkownikom.
Jeden z kluczowych punktów sprzeciwu wobec zarządzania ekosystemem pochodzi ze strony tych, którzy obecnie wykorzystują ekosystem do życia. Przykładem jest produkcja drewna a ochrona w lasach iglastych północno-zachodniego Pacyfiku Stanów Zjednoczonych. Przedstawiciele przemysłu drzewnego obawiali się utraty miejsc pracy, a ekolodzy wskazywali na utratę kluczowych gatunków, takich jak sowy, z powodu braku drzew. Opracowany program zarządzania ekosystemami zapewnił sposób na pozyskiwanie drewna przy jednoczesnym pozostawieniu wystarczającej liczby drzew na niektórych obszarach, aby utrzymać poziom gatunków.
Należy zauważyć, że zarządzanie ekosystemem obejmuje utrzymanie całego ekosystemu, a nie tylko pracę nad konkretnym gatunkiem lub częścią ekosystemu. Często skupiając się tylko na jednym obszarze, inne obszary w obrębie ekosystemu ucierpiałyby, ponieważ ten jeden obszar prosperował. Zarządzanie ekosystemami oferuje bardziej holistyczne spojrzenie na tworzenie udanego ekosystemu na teraźniejszość i przyszłość.