Zagrożony ekosystem to środowisko naturalne, któremu grozi załamanie i zanik z powodu działalności człowieka, zanieczyszczenia i wyginięcia gatunków lub przeludnienia. Żywe i nieożywione istoty wchodzą w interakcje, tworzą współzależne relacje i wymieniają energię i materię w ekosystemach, które mogą być tak duże jak planeta lub tak małe jak akwarium. Kiedy współzależność między gatunkami środowiska a czynnikami fizycznymi i chemicznymi zostaje zakłócona, ekosystem staje się zagrożony i może się całkowicie rozpaść. Konsekwencje załamania ekosystemu obejmują masowe wymieranie, wzrost populacji gatunków poza kontrolą, zakłócenia w dostawach żywności dla ludzi, erozję, powodzie, przyspieszenie zmian klimatycznych i dezintegrację dużych obszarów środowiska naturalnego.
Istnieje wiele naturalnych i ludzkich przyczyn powstania zagrożonego ekosystemu, przyczyn, które często zakłócają łańcuch pokarmowy ekosystemu i środowisko fizyczne. Przełowienie określonych gatunków wodnych, takich jak rekiny lub tuńczyk błękitnopłetwy, może mieć szkodliwy wpływ na łańcuch pokarmowy, wyniszczając duże drapieżniki, które powstrzymują populacje mniejszych gatunków przed wymykaniem się spod kontroli. Bez dużych drapieżników wiele gatunków będzie rozmnażać się poza możliwościami bezpośredniego otoczenia, by je wspierać, co spowoduje zmniejszenie zasobów i pożywienia oraz zagrożony ekosystem.
Kiedy zasoby obecnego ekosystemu się wyczerpią, gatunek nadmiernie rozmnożony może przenieść się do nowego środowiska, gdzie może stać się inwazyjny i destrukcyjny. Gatunki mogą być również wprowadzane do ekosystemu przez człowieka w celu kontrolowania populacji rodzimego zwierzęcia lub owada, ale zamiast tego mają destrukcyjny efekt.
Zanieczyszczenia mogą wywierać efekt domina w zagrożonym ekosystemie, niszcząc środowisko fizyczne i zabijając lub mutując gatunki. Na przykład zanieczyszczenie wprowadzone do ekosystemu wodnego może zabić rośliny, które zjadają większe ryby i skorupiaki. Te gatunki roślinożerne zaczynają umierać, a tym samym wyczerpują źródła pożywienia mięsożernych drapieżników systemu, które również giną w dużych ilościach lub migrują do nowego ekosystemu w poszukiwaniu pożywienia. Dodatkowo zanieczyszczenia mogą powodować mutację gatunków ekosystemu, co skutkuje wszystkim, od bezpłodności po dodatkowe kończyny i kalectwo fizyczne.
Budowa, rozwój i inna działalność człowieka, w tym polowania, mogą prowadzić do powstania zagrożonego ekosystemu. Niewłaściwie zarządzane lub nadmierne polowania mogą osłabić populację gatunku, usuwając zwierzęta szybciej niż mogą się rozmnażać, a tym samym przerywając łańcuch pokarmowy. Budowa i rozwój mogą zniszczyć fizyczne środowisko ekosystemu, od którego przetrwanie żywych gatunków zależy. Jeśli gatunki z zagrożonego ekosystemu nie zostaną pomyślnie przesiedlone, mogą być zagrożone wyginięciem.