Organy barokowe to organy zbudowane w określonym stylu i zgodnie z określonymi specyfikacjami w epoce baroku. Okres ten trwał od około 1685 do 1750 roku. W tym czasie wprowadzono wiele innowacji w sztuce, muzyce i architekturze, a projekt organów zmienił się radykalnie, zwiększając ich rozmiar, moc i zakres muzyczny. Znani kompozytorzy barokowi, tacy jak Johann Sebastian Bach w Niemczech, współpracowali z mistrzami budowy organów, aby wyprodukować jedne z najlepszych organów, jakie kiedykolwiek powstały.
Muzyka barokowa była bardzo bogata i bogata w fakturę. Kojarzone najczęściej z muzyką religijną organy barokowe były znacznie potężniejsze od swoich renesansowych poprzedników. Był często używany jako instrument solowy lub jako część „concerto grosso”, dwóch lub więcej instrumentów solowych z towarzyszeniem orkiestry. Pasja według św. Mateusza Bacha, wykorzystująca w kompozycji dwa organy, powstała w 1727 roku i jest uważana za jedno z arcydzieł zachodniej muzyki sakralnej.
W miarę rozwoju w okresie baroku organy stały się „pleno”, czyli pełnymi organami. Na przykład pełnowymiarowe włoskie organy piszczałkowe mogą mieć nawet 600 piszczałek i zawierać ponad 2000 części. Niektóre z największych organów powstałych w tym okresie mają tysiące piszczałek i aż siedem manuałów, czyli klawiatur, połączonych z piszczałkami organowymi. W wyglądzie zewnętrznym organy przypominają barokowe katedry, w których często były używane. Organy piszczałkowe z tamtego okresu miały być zarówno dziełem sztuki, jak i instrumentem.
Wraz ze wzrostem rozmiarów barokowe organy przeszły wiele innowacji technicznych. Taka współpraca Bacha i mistrza organmistrza Gottfrieda Silbermanna pomogła wprowadzić niektóre zmiany. Silbermann zbudował organy do użytku w całej Europie.
Istotną zmianą było zwiększenie liczby i konstrukcji głosów organów oraz układu manuałów i piszczałek. Organy „zatrzymywane” wpuszczają do piszczałek sprężone powietrze i mogą być włączane lub wyłączane przez organistę. Zaczęto projektować przystanki, które mogłyby imitować dźwięki innych instrumentów. Zwiększono ich również liczbę, pozwalając na ogromną różnorodność dźwięków.
Oddzielne klawisze dla stóp, złożone z pedałów, zostały rozszerzone, aby umożliwić większą regulację dźwięków. Rury zostały zorganizowane w stojaki. Każdy stojak odpowiadał innemu podziałowi, drewnie i objętości.
Wiele innowacji barokowych konstrukcji organów jest nadal w użyciu. Organy ocalałe z tego okresu uważane są za dzieła sztuki, a wiele z nich znajduje się w muzeach. Niektóre projekty zostały odtworzone do nowoczesnego użytku.