Podobnie jak wiele innych leków, antybiotyki mają udowodniony korzystny wpływ, pomagając zapobiegać infekcjom bakteryjnym, które kiedyś były trudne do wyleczenia. Narasta jednak obawa, że nadużywanie leczenia antybiotykami doprowadziło do powstania groźnych, opornych na antybiotyki szczepów bakterii. Innym istotnym źródłem kontrowersji było stosowanie przez przemysł spożywczy antybiotyków w celu wzmocnienia inwentarza żywego i zwiększenia produkcji, co wywołało obawy o niekorzystny wpływ na zdrowie zwierząt i ludzi. Podobnie jak wszystkie metody leczenia, antybiotyki mogą mieć negatywne skutki uboczne, które mogą wynikać z reakcji alergicznej, niewłaściwego użycia lub przypadkowego zabicia dobrych bakterii obok złych. W miarę jak ludzkość dowiaduje się więcej o ich zaletach i wadach, społeczeństwo i społeczność medyczna uczy się, jak dostosować leczenie antybiotykami, aby zapewnić jak najzdrowsze działanie.
Odkrycie antybiotyków w XX wieku było przełomowym momentem dla społeczeństwa i społeczności medycznej, na równi z odkryciem szczepień. Podczas gdy szczepienia pokonały śmiertelne choroby wirusowe, którym ludzie nie byli w stanie się oprzeć, takie jak polio, grypa i zapalenie ścięgien, antybiotyki zapewniły sposób na zabijanie złych bakterii, które wcześniej powodowały wyniszczające i potencjalnie śmiertelne infekcje, takie jak gruźlica, zapalenie opon mózgowych i zapalenie płuc. Wskaźniki śmiertelności z powodu infekcji bakteryjnej znacznie spadły, a populacja rosła zdrowsza. Niemniej jednak, gdy lekarze zaczęli przepisywać rekordowe ilości antybiotyków w leczeniu chorób, stało się jasne, że ich nadużywanie może mieć wady.
W miarę wzrostu popularności antybiotyków pacjenci zaczęli postrzegać je jako stały element życia, a lekarze przepisywali je w rekordowych ilościach. Doprowadziło to do nieprzewidzianego problemu: niektóre bakterie zaczęły ewoluować i uodparniać się na leczenie antybiotykami. Zdolność bakterii do mutacji w odpowiedzi na leczenie została nazwana opornością na antybiotyki. Choroby, które kiedyś wydawały się eliminowane na dobre przez antybiotyki, powróciły. Nie chodziło o to, że antybiotyki nagle okazały się nieskuteczne, ale część ich mocy została utracona. Wynikało to nie tylko z nadużywania i przepisywania, ale także z nadużywania. Społeczeństwo do pewnego stopnia zaczęło postrzegać antybiotyki jako bandaż na wszystko, nawet na choroby wirusowe, których nie potrafiły wyleczyć. W rezultacie dzisiejsze społeczeństwo medyczne zachęca do stosowania antybiotyków tylko wtedy, gdy jest to absolutnie konieczne, w nadziei, że leczenie pozostanie skuteczne.
Zaniepokojenie budzi również stosowanie antybiotyków przez przemysł spożywczy. Społeczeństwo rolnicze zaczęło stosować antybiotyki u zwierząt z tego samego powodu, dla którego ludzie ich używają: do leczenia chorób bakteryjnych. Jednak z czasem okazało się, że antybiotyki mogą powodować przyrost masy ciała u zwierząt. Na przykład w przypadku krów dodatkowa waga przyniosła znaczne zyski niektórym hodowcom i rolnikom. Badania wykazały, że nadużywanie antybiotyków u zwierząt doprowadziło do powstania superbakterii lub bakterii opornych na antybiotyki, które mogą być spożywane przez ludzi podczas jedzenia mięsa. W takim przypadku choroba związana z jedzeniem może nie być uleczalna za pomocą antybiotyków. Istnieje również zaniepokojenie negatywnymi skutkami zdrowotnymi zwierząt. Respektowane głosy lekarzy, takie jak Światowa Organizacja Zdrowia (WHO), wezwały społeczeństwo do rozważenia ryzyka związanego z antybiotykami u zwierząt i ograniczenia ich stosowania.