Przyjmowanie zolpidemu w ciąży jest ogólnie uważane za bezpieczne, gdy jest to konieczne w leczeniu bezsenności, ale pacjentki w ciąży są często zachęcane do wypróbowania najpierw innych opcji. Dzieje się tak, ponieważ lek ten został sklasyfikowany w kategorii C ciąży przez amerykańską Agencję ds. Żywności i Leków (FDA). Jest to prawdopodobne, ponieważ badania na zwierzętach przeprowadzone na zolpidemie w ciąży wykazały pewne niepożądane skutki uboczne, chociaż nie ma odpowiednio kontrolowanych badań na ludziach, które mogłyby powiedzieć na pewno, czy jest on bezpieczny. Ogólnie rzecz biorąc, lekarze przepisują ten lek pacjentkom w ciąży tylko wtedy, gdy bezsenność jest wystarczająco ciężka, aby mieć negatywny wpływ, w którym to momencie korzyści mogą przewyższać ryzyko.
Badania na zwierzętach, które przeprowadzono z tym lekiem, wykazały pewne niekorzystne skutki dla płodu, chociaż zwierzętom często podawano znacznie wyższe dawki niż normalnie otrzymywałyby kobiety w ciąży. Na przykład u niektórych badanych, którym podawano duże dawki zolpidemu w ciąży, płody wykazywały niepełne skostnienie czaszki. Ponadto, w miarę zwiększania dawki zolpidemu, zwiększało się częstość poronień i zahamowania wzrostu płodu. Jednak w wielu przypadkach nie wykazano, aby normalne dawki zolpidemu w ciąży miały negatywny wpływ na płód lub matkę.
Przeprowadzono kilka drobnych badań na kobietach, które przyjmowały zolpidem w czasie ciąży i chociaż niekoniecznie były one odpowiednio kontrolowane, ich wyniki pokazują, że istnieje pewne ryzyko związane z przyjmowaniem tego leku. Na przykład niektóre kobiety, które zażywały lek w trzecim trymestrze ciąży, zgłosiły poważną depresję oddechową u noworodka, ale zazwyczaj można ją leczyć w szpitalu, więc skutki nie są długotrwałe. Dodatkowym zmartwieniem związanym z zolpidemem w ciąży jest możliwość, że dzieci urodzą się uzależnione od leku. Uzależnienie noworodka od zolpidemu często charakteryzuje się po urodzeniu objawami odstawienia, które mogą obejmować pocenie się, wymioty i ból mięśni. Wreszcie, niektóre noworodki wydają się wiotkie i słabe po urodzeniu, gdy zostały wystawione na działanie zolpidemu w macicy.
Matki, które chcą uniknąć tych możliwych skutków, zachęca się do znalezienia alternatywy dla przyjmowania zolpidemu w czasie ciąży i powinny przyjmować ten lek tylko wtedy, gdy ich bezsenność jest skrajna i nic innego nie działa, aby go leczyć. W większości przypadków bezsenność powinna zniknąć po ciąży; jeśli tak nie jest, lek ten można przepisać bez incydentów. Matki karmiące piersią powinny jednak stosować te same środki ostrożności, co kobiety w ciąży, gdy przyjmują ten lek, ponieważ pojawia się on w mleku matki, a jego wpływ na karmienie niemowląt jest nieznany.