Teologia prezbiteriańska wywodzi się z protestantyzmu i ma swoje korzenie w naukach Jana Kalwina. Główną zasadą rządzącą teologią prezbiteriańską jest to, że zbawienie przychodzi wyłącznie przez wiarę, a nie przez oddawanie czci wizerunkom i świętym czy modlitwę za zmarłych. Niektórzy ze znaczących przywódców Kościoła Prezbiteriańskiego to John Knox w Szkocji oraz Ulrich Zwingli i Heinrich Bullinger w Szwajcarii.
Termin „prezbiterianin” pochodzi od presbyteros, greckiego słowa oznaczającego „starszy”. Organizacja Kościoła Prezbiteriańskiego jest podobna do organizacji kościołów protestanckich, które przyjęły idee reformacji protestanckiej w Szwajcarii. Księża, którzy są demokratycznie wybierani przez lokalne wspólnoty chrześcijańskie, zarówno mężczyzn, jak i kobiety, zarządzają Kościołem Prezbiteriańskim. Są również członkami rad kościelnych, prezbiterów, synodów, Rady Narodowej i Rady Najwyższej.
Teologia Kościoła Prezbiteriańskiego akceptuje zarówno Credo Apostolskie, jak i Credo Nicejskie. Wśród akcentów tego typu teologii znajdują się boskie wybranie, suwerenność Boga, znaczenie sakramentów i doskonała równowaga pobożności i kultury intelektualnej. Nawet jeśli ta teologia wywodzi się z nauk Kalwina, nie uczy, że Bóg przeznaczył niektórych ludzi na zbawienie, a innych na potępienie. Prezbiterianie uważają, że chociaż wszyscy ludzie zasługują na karę za swoją grzeszną naturę, Bóg postanowił wybrać liczbę do zbawienia i pozwolić innym podążać własną ścieżką.
Tylko dwa sakramenty ustanowione przez Jezusa są akceptowane w teologii prezbiteriańskiej: chrzest i Wieczerza Pańska. Prezbiterianie wierzą, że chrzest jest sakramentem ustanowionym przez Jezusa, w którym osoba wchodząca do kościoła otrzymuje nowe narodzenie i przebaczenie grzechów. Chrztu dokonuje się w imię Ojca, Syna i Ducha Świętego i można go dokonać tylko raz w życiu. Jako zewnętrzny element chrztu używa się wody, ale zanurzenie nie jest konieczne. Wieczerza Pańska upamiętnia ofiarę złożoną przez Jezusa na krzyżu, a elementy zewnętrzne – chleb i wino – symbolizują odpowiednio ciało i krew Jezusa.
W teologii prezbiteriańskiej Biblia jest środkiem, za pomocą którego chrześcijanie dowiadują się o obecności Boga we wszystkich aspektach ludzkiego życia, od zarania dziejów do dnia dzisiejszego. Prezbiterianie wierzą, że wieczną dobroć Boga i stałą miłość do Jego stworzenia można zrozumieć studiując Biblię. Zarówno Stary, jak i Nowy Testament są używane przez prezbiterianów.
Kolegia prezbiteriańskie istnieją we wszystkich krajach, w których obecny jest ten kościół. Wiele z nich oferuje dzieciom tradycyjną edukację zgodnie z moralnymi zasadami prezbiterianizmu. Dla osób zainteresowanych uzyskaniem stopnia z teologii, prezbiteriańskie uczelnie oferują kursy związane z teologią prezbiteriańską, pracą misyjną i doradztwem duszpasterskim.