W świecie weterynarii szczepionki podstawowe są szczepionkami zdecydowanie zalecanymi, a czasem wręcz wymaganymi. Protokoły szczepień dla szerokiej gamy zwierząt, w tym psów, kotów i koni, są zazwyczaj podzielone na szczepionki podstawowe i niepodstawowe, aby lekarze weterynarii mogli zapewnić swoim pacjentom szczepionki, których potrzebują. Właścicielom zwierząt domowych warto wiedzieć, że zalecana szczepionka jest szczepionką podstawową, ponieważ podkreśli to znaczenie otrzymania szczepionki wraz z uzupełniającymi dawkami przypominającymi.
U kotów i psów wścieklizna jest prawdopodobnie najczęstszą podstawową szczepionką, ponieważ wścieklizna jest postrzegana jako poważne zagrożenie. U kotów wirus białaczki kotów (FeLV) jest kolejną powszechną szczepionką podstawową, szczególnie dla kotów wychodzących na zewnątrz. Inne szczepionki podstawowe mogą być dodane do harmonogramu szczepień, w zależności od miejsca zamieszkania zwierzęcia. Choroby koni, takie jak śpiączka, wirus zachodniego Nilu i tężec są powszechnie umieszczane na listach szczepionek podstawowych.
Natomiast szczepionki inne niż podstawowe są po prostu zalecane i mogą nie być konieczne we wszystkich przypadkach. Zazwyczaj lekarze weterynarii stosują regionalne wytyczne wydane przez stowarzyszenie zawodowe, aby zdecydować, które szczepionki podać, i mogą omawiać opcje niepodstawowe ze swoimi klientami. Na przykład, jeśli zwierzę przebywa dużo, wskazane jest zaopatrzenie się w niepodstawową szczepionkę przeciwko bordetelli, znaną również jako kaszel budy, ale jeśli zwierzę pozostaje w domu i nigdy nie wsiada, szczepionka przeciwko bordetelli nie byłaby konieczna.
Niektóre regiony świata wymagają, aby zwierzęta otrzymały określone szczepionki podstawowe. Najczęściej wymaganą szczepionką jest wścieklizna, ze względu na chęć kontrolowania występowania wścieklizny na całym świecie. W krajach, w których nie występuje wścieklizna, takich jak Wielka Brytania, wszystkie zwierzęta wjeżdżające do kraju muszą mieć dokumenty wskazujące, że otrzymały szczepionkę przeciwko wściekliźnie i zostały przebadane w celu potwierdzenia obecności przeciwciał. Omawiając opcje szczepień, weterynarz zwykle upewni się, że właściciele wiedzą, jakie szczepionki podstawowe są wymagane, a które są po prostu zdecydowanie zalecane.
Oceniając, które szczepionki podstawowe należy uwzględnić w harmonogramie szczepień, urzędnicy zwykle przeprowadzają analizę kosztów i korzyści, aby ustalić, czy korzyści ze szczepionek przewyższają ryzyko szczepienia. Chociaż szczepienia są coraz bezpieczniejsze, niosą ze sobą pewne zagrożenia dla zdrowia, a ta analiza ma na celu uwzględnienie tego. Właściciele zwierząt powinni zawsze jak najszybciej zgłaszać niepożądane reakcje na szczepionki, zarówno ze względów statystycznych, jak i aby dać firmom czas na wycofanie szczepionek, jeśli stwierdzą, że ich partia została naruszona.