Księgowy apteki jest odpowiedzialny za ewidencjonowanie, utrzymywanie i rozliczanie zobowiązań finansowych tego rodzaju działalności. Przeciętne obowiązki księgowego apteki obejmują śledzenie kwot, które właściciele aptek są winni innym sprzedawcom. Ta praca wymaga również od księgowych rejestrowania wszelkich zaległych sald na koncie każdego klienta. Księgowi ci również informują swoich klientów o wszelkich istniejących zobowiązaniach z tytułu podatku od działalności gospodarczej, które należy płacić każdego roku. Inne wymagania księgowych mogą obejmować prowadzenie ewidencji zapasów i przygotowywanie kontroli płac dla techników i farmaceutów firmy.
Typowy księgowy apteczny ma dobrą znajomość lokalnych i krajowych przepisów podatkowych, które mają zastosowanie do tej konkretnej branży. Apteki są czasami obciążone większymi zobowiązaniami podatkowymi niż inne rodzaje firm, a doświadczony księgowy zazwyczaj może pomóc właścicielom w dokonywaniu terminowych płatności, unikając jednocześnie kar. Niektóre obowiązki wiążą się również z formułowaniem planu dla właściciela apteki, aby zwiększyć roczne zyski i zmniejszyć niepotrzebne koszty operacyjne.
Oprócz procedur składania zeznań podatkowych, opis stanowiska obejmuje rutynowe obowiązki księgowe w celu śledzenia dochodów i wydatków firmy. Księgowi ci zwykle prowadzą księgi rachunkowe z miesięcznymi debetami i kredytami oraz nadchodzącymi terminami płatności. Ponieważ apteki często wydają leki objęte ubezpieczeniem zdrowotnym, w większości przypadków księgowy apteki również musi rejestrować tego rodzaju informacje. Te raporty finansowe zwykle wymieniają kwoty, które zapłacą plany ubezpieczeniowe klientów, w porównaniu do wszelkich pozostałych kwot, które mają zostać wpłacone do apteki z własnej kieszeni.
Księgowi apteczni mogą mieć inne obowiązki, które wymagają od nich porównywania istniejących zapasów leków z ewidencją kwot zapłaconych dostawcom. Większe apteki mogą zatrudnić oddzielnego specjalistę ds. inwentaryzacji, który przeprowadzi spis z natury i przedstawi te informacje księgowemu. Księgowy zazwyczaj rejestruje numery każdego artykułu w aptece i upewnia się, że ceny każdego z nich sumują się prawidłowo. Księgowi muszą również wiedzieć, gdzie znaleźć najczęstsze błędy w zapisach i jak je poprawić. Apteki o mniejszych zapasach mogą pozostawić księgowemu zarówno spis z natury, jak i rozliczenie finansowe.
Płace to kolejny wspólny obowiązek księgowego apteki. Wiele aptek wymaga, aby księgowy śledził godziny pracy pracowników, indywidualne stawki płac i zwykle potrącane podatki od wynagrodzeń. Ten rodzaj pracy często wiąże się z przygotowywaniem, wydawaniem i rejestrowaniem wypłat w wyznaczonych dniach wypłaty apteki. Księgowy może również zorganizować elektroniczne wpłaty bezpośrednie na konta bankowe pracowników aptek.