Doktor mikrobiologii zobowiązuje się do zarabiania, a studenci będą musieli podejmować decyzje dotyczące tego, co ostatecznie chcieliby zrobić z tym doktoratem. Niektóre programy z zakresu mikrobiologii mają szczególny nacisk, na przykład badania nad rakiem, lub oferują podwójne stopnie naukowe w takich dziedzinach, jak mikrobiologia i immunologia. Wnioskodawcy będą musieli zbadać kilka programów, aby znaleźć te, które są ściśle związane z ich zainteresowaniami, lub będą musieli szukać dobrych szkół ogólnokształcących, które tolerują elastyczność i eksplorację wielu obszarów. To nie jedyny wymóg, a uczniowie muszą spełnić wiele innych wymagań szkolnych przed przyjęciem do szkoły.
Wydziały oferujące doktorat z mikrobiologii dokładnie określają, czego wymagają od kandydatów na studentów. Wiele programów przyjmuje studentów tylko z tytułem licencjata. Ten stopień zwykle musi mieć podobny kierunek, a kierunki z biologii, biochemii, mikrobiologii lub pre-med mogą być najczęściej akceptowanymi stopniami. Niektóre uczelnie rzadko przyjmują tych, którzy posiadają tylko tytuł licencjata, a zamiast tego szukają studentów z tytułami magistra, szczególnie z mikrobiologii lub dziedzin takich jak genetyka, immunologia lub zdrowie publiczne. Kilka najbardziej prestiżowych szkół nie przyjmie kandydatów, jeśli nie mają dyplomu ukończenia studiów i kilkuletniego doświadczenia zawodowego.
Istnieją dodatkowe wymagania dotyczące aplikacji. Wiele uniwersytetów wymaga od studentów zdania ogólnego i przedmiotowego egzaminu Graduate Record Exam (GRE). Silne stopnie, zwłaszcza w naukach ścisłych, mogą być wysoko cenione. Studenci potrzebują również akademickich lub zawodowych listów polecających, które poświadczają ich zdolność do pracy doktorskiej. Studenci urodzeni za granicą mogą również wymagać zdawania testów, aby udowodnić biegłość językową.
Studenci, którzy przeprowadzili dobre badania i znaleźli szkoły, które najlepiej odpowiadają wymaganiom, prawdopodobnie znajdą się na drodze do uzyskania doktoratu z mikrobiologii. Jak w przypadku każdego programu doktoranckiego, studenci biorą udział w zajęciach, a także spędzają dużo czasu pracując w laboratoriach. Wiele szkół chce, aby ich absolwenci uczyli lub pracowali jako asystent nauczycielski przez rok lub dłużej, co w rzeczywistości przynosi korzyści wielu studentom, ponieważ często otrzymują stypendium, które może pomóc obniżyć koszty studiów.
W drugim lub trzecim roku większość uczelni prowadzących studia doktoranckie z mikrobiologii prosi studentów o zdanie kompleksowego egzaminu. Ma to na celu zapewnienie, że niektórzy uczniowie posiadają odpowiednią wiedzę, aby kontynuować naukę w tej dziedzinie. Niektóre szkoły pozwalają uczniom na ponowne przystąpienie do egzaminu, jeśli go nie zdadzą. Po pomyślnym zdaniu tego egzaminu studenci przechodzą do doktoratu i rozpoczynają pracę nad swoją rozprawą, która jest długim projektem obejmującym oryginalne badania prezentowane na wydziale. Wydział musi zatwierdzić tę rozprawę przed przyznaniem stopnia naukowego doktora.
W sumie większość studentów spędza około czterech do pięciu lat, zdobywając doktorat z mikrobiologii. Czas ten może ulec wydłużeniu, jeśli praca jest wyjątkowo złożona lub nie została wstępnie zaakceptowana przez wydziałową komisję rewizyjną. Zdobycie tego stopnia jest warte czasu dla wielu osób, które mogą następnie kontynuować karierę w prywatnych badaniach, nauczaniu uniwersyteckim lub w wielu innych dziedzinach.