Istnieje wiele technik zwalczania muszek owocowych w kuchni, w tym metody zapobiegania inwazji i szybkiego ich eliminowania. Ważne jest, aby dokładnie zidentyfikować muchy przed rozpoczęciem kampanii zwalczania, ponieważ techniki skuteczne w przypadku muszek owocowych mogą nie działać w przypadku innych gatunków. Muszki owocowe są małe i mają tendencję do przyciągania owoców i słodyczy pozostawionych na blacie. Występują również częściej jesienią.
Aby zapobiec inwazji muszek owocowych, ważne jest, aby usunąć źródła pożywienia i wody. Należy zająć się wyciekami i innymi potencjalnymi drogami wilgoci. Zmniejszy to również liczbę mrówek i innych niechcianych gości. Jeśli trzeba pominąć świeże owoce i nie można ich zapieczętować w pojemnikach, należy je przechowywać w przesiewanym pojemniku, aby nie dopuścić do much. Zaleca się również zasłanianie wszelkich otwartych okien, aby muszki owocowe i inne owady nie miały dostępu do domu. Pomocne będzie również utrzymywanie kuchni w czystości i dokładne płukanie wszelkich materiałów do recyklingu, zwłaszcza puszek i butelek po napojach gazowanych. Eliminuje to potencjalne atrakcje, czyniąc kuchnię mniej interesującą dla muszek owocowych.
Dla osób, które mają problem z muszkami owocowymi w kuchni, papier na muchy może pomóc w łapaniu much w celu ich usunięcia. Pomocne są również pułapki; bardzo prostą pułapkę można zrobić, wlewając kilka uncji octu lub wkładając mały kawałek owocu do słoika i umieszczając nad nim papierowy lejek z małym otworem w dół. Muchy mogą wejść do lejka, ale mają trudności z ucieczką. Gdy pułapka jest pełna, muszki owocowe można wynieść na zewnątrz.
Insektycyd również jest opcją, ale należy go stosować ostrożnie. Spraye chemiczne mogą być niebezpieczne dla dzieci i zwierząt. Pułapki na muchy z przynętą powinny być trzymane z dala od żywności i poza zasięgiem małych dzieci i zwierząt, a także powinny być niezwłocznie opróżniane, aby uniknąć gromadzenia się martwych much.
Odpływy są czasami traktowane jako źródło lub środek wabiący dla muszek owocowych w kuchni. Niektóre owady rozmnażają się w drenach, ale częściej uwięziony materiał organiczny w drenach zwabia muchy, a ludzie myślą, że muchy wychodzą z drenów, ponieważ widzą, jak unoszą się wokół otworów. Enzymatyczny środek czyszczący można wlać do odpływu, aby rozpuścić zbryloną żywność i umożliwić jej spłukanie. Skuteczne może być również wlanie sody oczyszczonej i octu do odpływu, a następnie spłukanie wrzątkiem.