Wybór najlepszej metodologii grup fokusowych wymaga dokładnego przyjrzenia się, jak funkcjonuje każdy rodzaj grupy i korzyściom płynącym z korzystania z każdego typu. Istnieje wiele metodologii, w tym grup fokusowych dwustronnych, wielokrotnych moderatorów, nominalnych, telefonicznych i internetowych. Wszystkie rodzaje metodologii grup fokusowych wykorzystują moc dyskusji grupowej do generowania spostrzeżeń, które można uzyskać tylko z osób wchodzących ze sobą w interakcje w określonym typie grupy. Różne metodologie grup fokusowych wytwarzają unikalne rodzaje informacji. Osoby wchodzące w interakcję w grupie fokusowej prawdopodobnie ujawnią informacje, które zwykle nie są ujawniane przez osoby w żadnym innym otoczeniu.
Korzystanie z różnych metodologii grup fokusowych przynosi korzyści. Na przykład dwukierunkowa grupa fokusowa moderatorów może generować bardziej szczegółowe informacje zwrotne niż grupa z jednym moderatorem. Metodologia dwukierunkowej grupy fokusowej polega na wykorzystaniu jednej grupy fokusowej do obserwacji zachowania z drugą grupą fokusową biorącą udział w dyskusjach. To stymuluje dyskusję w grupie drugiej i może prowadzić do wniosków, do których nie doszłoby bez obserwacji grupy pierwszej. Podobne korzyści mogą pojawić się, gdy grupy fokusowe wykorzystują wielu moderatorów.
Technika grup nominalnych to metodologia stosowana przez tych, którzy chcą podejmować decyzje szybko, poprzez proces głosowania, jednocześnie biorąc pod uwagę wszystkie poglądy i opinie w danej sprawie. Wszyscy członkowie grupy fokusowej przedstawiają rozwiązanie, sporządzana jest lista wszystkich możliwych rozwiązań, a następnie członkowie grupy oceniają rozwiązania od najlepszego do najgorszego. Moderator może zachęcić wszystkich członków do dyskusji i spróbować zidentyfikować podobieństwa między rozwiązaniami. Zaletą tej metodologii grup fokusowych jest to, że tworzy pomysł przy użyciu wszystkich różnych pomysłów oferowanych w grupie. Ostateczny pomysł jest często lepszy niż jakikolwiek pomysł rozważany przez grupę.
Metodologia grup fokusowych stosowana w grupach telefonicznych i internetowych ma wyraźną zaletę łączenia wielu różnych uczestników, bez względu na to, gdzie fizycznie się znajdują. Chociaż brakuje im ciepła i interakcji na osobistym spotkaniu, tego typu grupy fokusowe kosztują znacznie mniej i mogą być skuteczne w dostarczaniu badań jakościowych. Jedną z zalet telefonicznej lub internetowej grupy fokusowej jest poziom anonimowości respondentów, który zapewnia bardziej prawdziwe odpowiedzi, zwłaszcza w przypadku dyskusji na tematy drażliwe lub bardzo osobiste. Inne korzyści obejmują zbieranie danych ze znacznie większej próby i obniżenie prawdopodobieństwa presji rówieśniczej wpływającej na odpowiedzi.