Chociaż zarówno loratadyna, jak i cetyryzyna są rodzajami leków przeciwhistaminowych, każdy z nich jest innym związkiem chemicznym, który leczy objawy alergii na różne sposoby. Oba te leki są podawane w przypadku tych samych rodzajów alergii i oba są skuteczne w przypadku kichania, swędzenia nosa i łzawiących oczu oraz nieskuteczne w przypadku objawów, takich jak pokrzywka i ogólnoustrojowe reakcje alergiczne. Pomimo podobieństw w działaniu tych leków, ich skład chemiczny jest różny, a co za tym idzie, inaczej oddziałują na pacjentów, którzy je przyjmują.
Pod względem molekularnym substancje te mają różną strukturę. Loratadyna składa się z 22 atomów węgla, 23 atomów wodoru, dwóch atomów azotu, dwóch atomów tlenu i atomu chloru. Atomy te są ułożone w cząsteczkę, która ma wiele różnych rozgałęzień. Cetyryzyna składa się z 21 atomów węgla, 25 atomów wodoru, trzech atomów tlenu, dwóch atomów azotu i jednego atomu chloru, które są ułożone w długi łańcuch i połączone z dwiema cząsteczkami chlorowodorku. Chociaż elementy budulcowe są podobne, ułożenie tych cząsteczek pozwala im zwalczać objawy alergii na różne sposoby.
Jedną z głównych różnic między loratadyną a cetyryzyną są rodzaje działań niepożądanych, których mogą doświadczyć pacjenci podczas ich przyjmowania. Podczas gdy przy stosowaniu obu tych leków obserwuje się suchość w ustach i dolegliwości żołądkowo-jelitowe, wiadomo, że loratadyna powoduje również bóle głowy, owrzodzenia jamy ustnej, nerwowość i niepokój. Z drugiej strony cetyryzyna może powodować senność, która może być ciężka u niektórych pacjentów. Możliwe jest również, że u pacjentów przyjmujących cetyryzynę wystąpią trudności w oddychaniu, co jest działaniem niepożądanym zwykle nieobserwowanym u pacjentów przyjmujących loratadynę, chyba że pacjent przechodzi anafilaksję.
Kolejną różnicą między loratadyną a cetyryzyną jest sposób podawania każdego leku. Dorosłym zwykle podaje się dawkę 10 miligramów jednego z tych leków dziennie, podczas gdy dzieciom powyżej drugiego roku życia często podaje się połowę tej dawki. Nie ma ustalonej dawki loratadyny dla dzieci w wieku poniżej dwóch lat, podczas gdy dzieci w wieku od sześciu miesięcy do dwóch lat mogą bezpiecznie przyjmować 2.5 miligrama cetyryzyny.
Odmienne są również długoterminowe skutki wysokich dawek loratadyny i cetyryzyny. W badaniach laboratoryjnych cetyryzyna nie zwiększała ryzyka raka ani nie zmniejszała płodności, nawet podawana w dawkach znacznie przekraczających zalecaną dawkę maksymalną. Niezwykle wysokie dawki loratadyny prowadziły jednak do zwiększonego ryzyka zachorowania na raka, a także do zmniejszenia płodności u mężczyzn.