Układ kostny jest wsparciem dla ciała. Chroni narządy i zapewnia zakotwiczenie więzadeł, ścięgien i mięśni, które umożliwiają ruch. Chociaż zarówno męski, jak i żeński układ kostny zawierają tę samą liczbę kości, istnieją między nimi różnice. Różnice między układami szkieletowymi mężczyzn i kobiet mają charakter strukturalny i obejmują obszary takie jak miednica, czaszka i kończyny. Masa i rozwój kości to dwa dodatkowe obszary różnic w układach kostnych.
Jednym z obszarów różnic między męskim i żeńskim układem kostnym jest miednica. Kość miednicy i obszar miednicy kobiety są ukształtowane inaczej niż u mężczyzny, ponieważ obszar miednicy kobiety jest stworzony, aby umożliwić proces porodu. Kobiece obszary miednicy są bardziej okrągłe, a kość miednicy jest mniejsza i szersza. Natomiast jama miednicy u mężczyzn nie jest tak płytka.
Różnice strukturalne między męskim i żeńskim układem kostnym są również widoczne w czaszce. Mała wystająca część znajdująca się z tyłu czaszki, zwana zewnętrznym guzem potylicznym, jest bardziej widoczna na męskiej czaszce niż kobiecej czaszce. Kości szczęki kobiecej czaszki są również bardziej zaokrąglone, podczas gdy kości szczęki męskiej są bardziej kwadratowe. Kości brwiowe kobiecej czaszki nie są tak wyraźne jak kości męskiej czaszki. Te aspekty tworzą cechy wyróżniające, które tworzą wizualne różnice w męskich i żeńskich strukturach twarzy.
Kości, z których składają się kończyny szkieletów, wykazują również różnice między układami kostnymi mężczyzn i kobiet. Kości łokciowe, promieniowe i ramienne to trzy kości, które tworzą ramiona, podczas gdy kość strzałkowa, piszczelowa i kość udowa to kości nóg. U mężczyzn kości te są na ogół dłuższe i grubsze niż u kobiet. Kości palców, zwane palikami, są zwykle większe u samców niż u samic. Jednak niektórzy mężczyźni mają krótsze kości niż kobiety.
Ogólna masa przyczynia się do różnicy między męskimi i żeńskimi układami kostnymi. Samce szkielety są często cięższe i znacznie większe. Chociaż masa szkieletu może być ogólnym punktem odniesienia, nie można jej używać samodzielnie. Niektórzy mężczyźni są mniejsi niż przeciętni i mają mniejsze szkielety. Dodatkowo, niektóre kobiety mają większe niż przeciętne szkielety. Aby określić, czy szkielet jest mężczyzną czy kobietą, należy wziąć pod uwagę inne główne różnice, a także genetykę i pochodzenie etniczne.
Rozwój kości ma również wpływ na różnice między męskim i żeńskim układem kostnym. Hormony odgrywają dużą rolę we wzroście kości. W przypadku mężczyzn testosteron jest hormonem wpływającym na wzrost i kształt kości, podczas gdy hormon żeński, który wpływa na rozwój kości, nazywa się estrogenem. W okresie dojrzewania poziom estrogenu jest znacznie wyższy u kobiet, a testosteronu u mężczyzn, co powoduje, że kości u kobiet przestają się rozwijać w wieku 18 lat, a wzrost u mężczyzn zatrzymuje się w wieku 21 lat.