Zarówno flety, jak i oboje należą do rodziny instrumentów dętych drewnianych, ale różnią się diametralnie. Różnią się materiałem konstrukcyjnym, kolorem, kształtem, tonem i kluczem. Pozycja gry, jakość dźwięku, użycie lub brak stroika i zasięg są również godnymi uwagi punktami rozbieżności.
Jedną z najłatwiej dostrzegalnych różnic między obojem a fletem jest dobór materiałów, z których profesjonaliści konstruują instrumenty. Z wyjątkiem metalowego klucza, obój jest zwykle wykonany z drewna grenadilla, zwanego również African Blackwood. Rzadziej oboje są wykonane z innych gatunków drewna, takich jak palisander. Korpus i klawisze większości zachodnich fletów koncertowych są rzadko wykonane z drewna, a zamiast tego są wykonane z metali, najczęściej posrebrzanego mosiądzu. Niektórzy profesjonalni muzycy grają na prawie całkowicie srebrnych fletach, a niektórzy używają złota w ustniku lub do wykonania klucza, w zależności od dokładnej jakości dźwięku i estetyki, jakiej oczekuje muzyk.
Obój i flet różnią się kolorem ze względu na różne materiały użyte do budowy. Oboje są w kolorze czarnym, ze srebrnymi klawiszami. Flety są zwykle całkowicie srebrne, ale mogą mieć żółtawo-złoty kolor w zależności od użytego metalu.
Niezależnie od materiałów użytych do budowy oboju czy fletu, kolejnym wyróżnikiem jest kształt obu instrumentów. Flet wygląda jak prosta rura. Otwór lub komora wewnętrzna instrumentu, przez którą przepływa powietrze, ma kształt cylindryczny. Duża część oboju również wygląda na okrągłą jak rura z zewnątrz, ale wewnętrznie otwór ma kształt stożkowy, zwężający się w kierunku rozkloszowanego dzwonu. Tego flary nie ma na flecie.
Patrząc na kluczowanie oboju i fletu, obój ma więcej klawiszy i otworów. Flet ma zwykle co najmniej 16 otworów, podczas gdy obój ma łącznie co najmniej 22. Dokładna liczba otworów na oboju lub flecie zależy od dokładnego modelu i klasy instrumentu.
Idąc w kierunku rzeczywistego grania na oboju i flecie, zachodni flet klasyczny jest instrumentem poprzecznym lub bocznym, co oznacza, że jest trzymany i grany poziomo. Wymaga to od gracza trzymania instrumentu po prawej stronie. Obój to instrument z zadęciem końcowym. Gracz trzyma instrument pod kątem około 45 stopni przed swoim ciałem, dmuchając w dół do górnego końca.
Następnie oboje są instrumentami „podwójnymi stroikami”. Aby zrobić trzcinę, oboista składa kawałek bambusowej laski na rurkę i przywiązuje ją w miejscu. Następnie przycina końcówkę laski, aby podzielić ją na dwie niezależne części. Po uformowaniu przez oboistę dwóch niezależnych kawałków laski, które składają się na całą trzcinę, wkłada ją do ust i wprawia ją w drgania strumieniem powietrza.
Flety nie używają stroików. Zamiast wibrować stroik, fleciści wdmuchują powietrze bezpośrednio do fletu. Strumień powietrza z odtwarzacza wprawia powietrze wewnątrz fletu w wibracje, a część tych wibracji wychodzi z końca fletu i tonuje wraz z tonacją.
Otwór w jakimkolwiek instrumencie drastycznie wpływa na ogólną jakość brzmienia instrumentu ze względu na wpływ, jaki otwór ma na zachowanie słupa powietrza. Użycie lub brak stroika również wpływa na ton. Obój może być bardzo głośny, przeszywający i trochę kaczy, ale może też brzmieć wyjątkowo ciepło i słodko. Flety brzmią albo przeszywająco, albo miękko, w zależności od ich rejestru, i brakuje im nieco piaskowej jakości, jaką daje stroik.
Zasięg oboju i fletu jest podobny, ale zasięg fletu jest nieco większy niż zasięg oboju. Obój gra pomiędzy Gb3 i G6, chociaż wygodniejszą tessiturą jest C4 do Eb6. Zakres fletu wynosi od B3 do C7, czyli z grubsza trzy oktawy. Jednak nie wszystkie oboje sięgają do Bb3 i podobnie, nie wszystkie flety mają staw stopy wystarczająco długi, aby wytworzyć B3. Nuty powyżej tych ogólnych zakresów są możliwe, ale nie są one regularnie odtwarzane, są trudne pod względem łatwości i zachowania tonu oraz wymagają absolutnej kompetencji wykonawcy.