Chociaż rootkit i wirus to oba rodzaje złośliwego oprogramowania lub złośliwe oprogramowanie, zazwyczaj są one wykorzystywane do osiągnięcia różnych celów podczas ataku komputerowego. Rootkit zazwyczaj jest instalowany w systemie komputerowym, aby umożliwić nieautoryzowanemu użytkownikowi dalsze uzyskiwanie dostępu do tego systemu lub ukryć obecność i aktywność innych rodzajów złośliwego oprogramowania. Z drugiej strony wirusy to rodzaje złośliwego oprogramowania, które zazwyczaj mają za zadanie atakować system komputerowy w bardzo specyficzny sposób i osiągnąć określony cel.
Pomimo faktu, że zarówno rootkit, jak i wirus są formami złośliwego oprogramowania, są one wykorzystywane do wykonywania różnych zadań. Rootkit to złośliwy program, który można zainstalować na komputerze na różnych poziomach systemu operacyjnego (OS), a następnie maskować inne działania. Ten typ programu zazwyczaj infekuje „root” systemu operacyjnego na komputerze, stąd nazwa, pozwalając na wykonywanie innych działań w tym systemie, które są następnie ukrywane przez rootkita. Rootkit jest często używany do tworzenia tylnego punktu wejścia do systemu komputerowego dla nieautoryzowanego użytkownika w celu uzyskania dostępu do tego systemu w przyszłości lub może być użyty do ukrycia infekcji wirusem lub innym rodzajem złośliwego oprogramowania.
Główna różnica między rootkitem a wirusem polega na tym, że wirus zwykle nie ukrywa działań innych programów ani nie umożliwia dostępu do systemu. Wirus jest zwykle rozwijany w celu osiągnięcia określonego efektu, często poprzez przeprowadzenie ataku na określony system komputerowy. Chociaż wirus może być dość uśpiony w systemie komputerowym i pozostać ukryty, dopóki określone zdarzenie nie aktywuje wirusa, zwykle zostanie utworzony w celu przeprowadzenia bardzo specyficznego ataku na zainfekowany system.
Istnieje również kilka głównych różnic w sposobie usuwania rootkita i wirusa z systemu komputerowego lub systemu operacyjnego. Wirusy można często znaleźć i usunąć za pomocą programu antywirusowego, chociaż bardzo nowe wirusy mogą przez jakiś czas umykać wykryciu. Jednak rootkit może być bardzo trudny do znalezienia, zwykle wymagający bardzo skomplikowanych procedur bezpieczeństwa i prawie niemożliwy do usunięcia. Dysk twardy w komputerze może wymagać całkowitego wyczyszczenia i ponownej instalacji systemu operacyjnego w celu wyeliminowania rootkita z komputera. Ostatecznie jednak zarówno rootkit, jak i wirus mogą być bardzo destrukcyjne dla komputera i każdy użytkownik komputera powinien dołożyć wszelkich starań, aby uniknąć wszelkiego rodzaju złośliwego oprogramowania.