Wiele osób może stosować blokery estrogenu bez odczuwania znaczących skutków ubocznych, chociaż wszelkie nowe lub uciążliwe objawy, które pojawiają się po rozpoczęciu leczenia tego typu lekami, należy omówić z lekarzem prowadzącym. Niektóre z najczęstszych skutków ubocznych tych substancji to zawroty głowy, nudności i uderzenia gorąca. Dodatkowe skutki uboczne tych leków mogą obejmować przyrost masy ciała, nocne poty i zmiany w wydzielinie z pochwy. Poważniejsze skutki uboczne blokerów estrogenów, zwłaszcza stosowanych przez dłuższy czas, mogą obejmować powstawanie zakrzepów krwi, reakcje alergiczne lub zwiększone ryzyko rozwoju raka narządów rozrodczych.
Większość skutków ubocznych blokerów estrogenu jest stosunkowo łagodna i może z czasem zmniejszać się, gdy organizm dostosowuje się do leku. Łagodne zawroty głowy są częstą dolegliwością, ale jeśli ten objaw nasili się lub towarzyszy mu ból głowy, należy skonsultować się z lekarzem w celu dalszej oceny. Jeśli podczas stosowania tego rodzaju leków pojawią się nudności, przed zażyciem leku pomocne może być zjedzenie posiłku lub wypicie szklanki mleka.
Podczas przyjmowania blokerów estrogenu mogą wystąpić uderzenia gorąca, nocne poty i inne objawy przypominające menopauzę. Osoby przyjmujące te leki zgłaszały ból kości lub mięśni, przyrost masy ciała i zmęczenie. U osób stosujących ten rodzaj leku może nastąpić zwiększenie lub zmniejszenie wydzieliny pochwowej. Chociaż większość z tych objawów ma łagodny charakter, czasami możliwe jest dostosowanie dawki, jeśli te działania niepożądane staną się szczególnie uciążliwe.
Długotrwałe stosowanie blokerów estrogenu zwiększa ryzyko wystąpienia poważnych skutków ubocznych lub potencjalnie śmiertelnych powikłań. Zakrzepy krwi mogą powstać w dowolnym momencie leczenia, ale ryzyko dramatycznie wzrasta wraz z długotrwałym stosowaniem tych leków. Może również wystąpić forma utraty masy kostnej znana jako osteoporoza, prowadząca do większej prawdopodobieństwa złamań. Blokery estrogenu mogą zwiększać ryzyko zachorowania na raka piersi, raka jajnika lub innych nowotworów wpływających na układ rozrodczy.
Reakcje alergiczne na blokery estrogenu są rzadkie, chociaż są możliwe, nawet jeśli leki były dobrze tolerowane w przeszłości. Łagodne objawy alergii mogą obejmować łagodną wysypkę skórną lub swędzenie. Potencjalnie zagrażający życiu rodzaj reakcji alergicznej znany jako anafilaksja może powodować objawy, takie jak obrzęk twarzy lub gardła, ból w klatce piersiowej lub trudności w oddychaniu. Objawy te należy traktować jako nagły przypadek medyczny, a często konieczne jest przyjęcie do szpitala w celu ustabilizowania stanu zdrowia pacjenta.