Najczęstsze skutki uboczne MRI to te związane z leżeniem na małej przestrzeni przez długi czas i mogą obejmować zawroty głowy, bóle pleców i zmęczenie. Poważniejsze skutki uboczne mogą wystąpić jako reakcja na jakikolwiek środek kontrastowy użyty do MRI. W bardzo rzadkich przypadkach, jeśli w ciele znajduje się kawałek metalu, urządzenie MRI może zmusić przedmiot do poruszania się w ciele, powodując poważne uszkodzenia. Jest to bardzo rzadki efekt uboczny, ponieważ istnieją surowe środki ostrożności, aby chronić się przed tego rodzaju wypadkami.
Często ludzie doświadczają skutków ubocznych MRI, które wydają się być spowodowane skutkami rezonansu magnetycznego, ale w rzeczywistości są spowodowane leżeniem w bezruchu przez długi czas. Zawroty głowy i bóle pleców zgłaszane przez niektórych pacjentów są prawie na pewno spowodowane leżeniem nieruchomo na twardej powierzchni przez godzinę lub dłużej. Zmęczenie po rezonansie magnetycznym jest często spowodowane stresem związanym z wykonywaniem zdjęć, które mogą być bardziej męczące, niż jest to widoczne podczas zabiegu. Efekty uboczne MRI, takie jak bóle głowy, są często związane z głośnymi dźwiękami, które słyszy się podczas MRI i są częstsze u osób, które również doświadczają migreny.
Niektórzy ludzie doświadczają łagodnych skutków ubocznych MRI, zwykle przypominających reakcję alergiczną, gdy stosuje się środek kontrastowy. Bardzo poważne skutki uboczne MRI mogą wystąpić, gdy pacjent ma ciężką niewydolność nerek i jest wystawiony na działanie środka kontrastowego zawierającego gadolin. Ten efekt uboczny to choroba zwana nerkopochodnym zwłóknieniem układowym, które jest nieuleczalne, a czasami śmiertelne. Jest stosunkowo mało prawdopodobne, że wystąpi ten efekt uboczny, ponieważ niewydolność nerek jest zwykle identyfikowana przed rezonansem magnetycznym z udziałem gadolinu.
Bardzo rzadko żelazo w organizmie powoduje bolesne skutki uboczne MRI. Obiekty ferromagnetyczne mogą poruszać się z dużą siłą z dowolnej pozycji w pobliżu urządzenia do rezonansu magnetycznego. Jeśli znajdują się w ciele, mogą spowodować poważne uszkodzenie narządów wewnętrznych. Osoba z metalowymi plombami w zębach może odczuwać lekkie mrowienie, ale drobne uzupełnienia stomatologiczne zwykle nie stanowią problemu dla zabiegu.
Najczęstszym skutkiem ubocznym rezonansu magnetycznego wydaje się być zwiększona wrażliwość na możliwe problemy zdrowotne. Urządzenie do rezonansu magnetycznego to stresująca i często nieznana technologia, a wiele osób bardzo przejmuje się doznaniami, które normalnie nie byłyby uważane za niepokojące. Postrzegane mrowienie lub zawroty głowy, które zwykle pozostają niezauważone, lub jakiekolwiek uczucie bólu staje się źródłem poważnych obaw. Postrzegana możliwość wystąpienia poważnych skutków ubocznych również powoduje objawy paniki. Tych skutków ubocznych można uniknąć, rozmawiając z zaufanym lekarzem i uznając, że rezonans magnetyczny jest bardzo bezpieczną procedurą.