Nadtlenek benzoilu jest często stosowany w leczeniu trądziku, ale wielu pacjentów odczuwa pewne skutki uboczne podczas leczenia. Większość najczęstszych skutków ubocznych nadtlenku benzoilu ma charakter miejscowy i dotyczy tylko skóry twarzy. Na przykład za normalne uważa się obserwowanie suchej skóry, która jest delikatna i zaczerwieniona po zastosowaniu tego rodzaju leczenia trądziku. Poważniejsze skutki uboczne to pęcherze i strupy, a także trądzik, który wydaje się pogarszać po zastosowaniu nadtlenku benzoilu. Z drugiej strony osoby uczulone na ten lek mogą zauważyć więcej niż tylko miejscowe skutki uboczne, ponieważ mogą nawet mieć trudności z oddychaniem.
Niektóre skutki uboczne nadtlenku benzoilu pojawiają się tylko na początku leczenia i znikają, gdy skóra przyzwyczai się do leku. Na przykład uważa się, że po zastosowaniu tego leku skóra jest sucha i lekko podrażniona. W tym czasie może być również delikatny i czerwony. Niestety, niektóre osoby zauważają również, że ich skóra zaczyna się łuszczyć, ponieważ powoli przyzwyczaja się do leku, choć powinny również zaobserwować, że w tym samym czasie ich trądzik stopniowo znika. Ze względu na występowanie tych łagodnych skutków ubocznych nadtlenku benzoilu, lekarze zalecają wielu pacjentom stosowanie leku tylko co drugi dzień, dopóki ich skóra się do niego nie przyzwyczai.
Są pacjenci, którzy zauważają bardziej ekstremalne skutki uboczne, które trudno zignorować. Skóra może zacząć tworzyć pęcherze lub strupy i może mieć stały czerwony odcień. Nic dziwnego, że czerwonej twarzy może towarzyszyć uczucie ciepła, a także pieczenie. Te skutki uboczne nadtlenku benzoilu należy zazwyczaj zgłaszać lekarzowi, zwłaszcza jeśli wydaje się, że trądzik nie zaczął się ustępować. W rzeczywistości niektóre osoby zauważają, że ich trądzik staje się jeszcze gorszy, co może wskazywać, że nie jest to dla nich najlepszy lek.
Podczas gdy niektóre skutki uboczne nadtlenku benzoilu są uważane za niewielkie, a nawet można się ich spodziewać, inne są oznakami alergii, co oznacza, że niektórzy pacjenci powinni natychmiast przerwać przyjmowanie leku. Na przykład rozwijająca się pokrzywka, czerwona wysypka na twarzy lub ciągłe uczucie swędzenia nie są zwykle uważane za normalne. Jest to szczególnie ważne, jeśli tym efektom ubocznym towarzyszy uczucie ucisku w klatce piersiowej, które utrudnia oddychanie, a także zawroty głowy. Takie skutki uboczne nadtlenku benzoilu zwykle wskazują na alergię i zazwyczaj wymagają natychmiastowej pomocy lekarskiej.