Najczęstsze skutki uboczne płynu do płukania jamy ustnej obejmują podrażnienie błon śluzowych jamy ustnej i uczucie pieczenia w jamie ustnej. Smak płynu do płukania ust może utrzymywać się godzinami, nadając potrawom metaliczny, gorzki lub pikantny smak. Aby złagodzić efekt uboczny pieczenia jamy ustnej, można zastosować bardziej subtelne smaki płynów do płukania ust. Czasami spożycie dużych ilości płynu do płukania jamy ustnej może powodować poważniejsze skutki uboczne. Należą do nich nudności i wymioty, zawroty głowy, biegunka i zawroty głowy.
Chociaż przypadkowe połknięcie niewielkich ilości płynu do płukania ust na ogół nie jest uważane za poważne, celowe picie płynu do ust może powodować poważne skutki uboczne, a nawet może zagrażać życiu. Skutki uboczne płynu do płukania jamy ustnej mogą obejmować utratę przytomności, drgawki, a nawet zatrzymanie akcji serca z powodu wysokiej zawartości alkoholu w niektórych płynach do płukania ust. Te działania niepożądane są podobne do tych, które występują podczas picia nadmiernych ilości napojów alkoholowych.
Jednym z najbardziej niepokojących skutków ubocznych płynu do płukania jamy ustnej jest jego potencjał do zwiększania ryzyka raka gardła i jamy ustnej. Znowu wynika to z wysokiej zawartości alkoholu w niektórych płynach do płukania ust. Chociaż do ustalenia konkretnego powiązania może być potrzebnych więcej dowodów, rozsądne może być użycie bezalkoholowego płynu do płukania ust. Inne skutki uboczne płynu do płukania jamy ustnej obejmują podrażnienie i złuszczanie się tkanek jamy ustnej, co jest niewygodne i może przygotować grunt pod infekcję jamy ustnej, a nawet chorobę dziąseł.
Korzyści płynące z płukania jamy ustnej obejmują jego zdolność do redukcji bakterii w jamie ustnej, które mogą prowadzić do chorób dziąseł i infekcji zębów. Płyn do płukania jamy ustnej może również pomóc wyeliminować płytkę nazębną i nieświeży oddech. Osoby używające płynu do płukania jamy ustnej lub płukanek zawierających fluor mogą być mniej narażone na rozwój próchnicy. Niektóre płyny do płukania jamy ustnej mogą również łagodzić ból gardła. Płukanie ust płynem do płukania ust może pomóc złagodzić ból gardła spowodowany infekcją, jednak zbyt częste płukanie ust płynem do płukania ust na bazie alkoholu może przyczyniać się do bólu.
W przypadku wystąpienia skutków ubocznych płynu do płukania jamy ustnej należy skonsultować się ze stomatologiem. Potrafi ocenić uszkodzenia tkanki jamy ustnej i omówić higienę jamy ustnej przy użyciu bezalkoholowych płynów do płukania jamy ustnej. Jednak niektórzy dentyści w ogóle nie zalecają stosowania płynu do płukania jamy ustnej, zamiast tego zalecają dobry program higieny jamy ustnej, który obejmuje mycie zębów co najmniej dwa razy dziennie i nitkowanie zębów między posiłkami.