Najlepsze sposoby przechowywania pudeł zazwyczaj zależą od rodzaju pudeł, które są przechowywane, miejsca ich przechowywania oraz tego, czy są napełniane podczas przechowywania. Pudełka kartonowe zazwyczaj najlepiej przechowywać, spłaszczając je, a następnie układając je w stos lub przechowując na bokach. W przypadku przechowywania pudełek na zewnątrz lub w miejscu narażonym na działanie czynników atmosferycznych, takich jak deszcz, należy je przechowywać w sposób zabezpieczający je przed uszkodzeniem. Aby przechowywać pełne pudła, często najlepiej jest ułożyć pudła jeden na drugim w taki sposób, aby zapobiec uszkodzeniu zawartości.
Istnieją różne metody przechowywania pudeł, zazwyczaj w zależności od materiałów, z których pudła są wykonane. Na przykład pudła kartonowe można spłaszczyć otwierając je, co może wymagać przecięcia taśmy. Ułatwia to przechowywanie i sprawia, że pudełka zajmują mniej miejsca podczas przechowywania. Z drugiej strony plastikowe pudełka często można po prostu ułożyć w stos. Niektóre systemy przechowywania są zaprojektowane z pudłami o różnych rozmiarach, w takim przypadku ktoś może przechowywać pudła jeden w drugim, aby wymagać mniej miejsca.
Chcąc przechowywać pudła na zewnątrz, na przykład w szopie lub garażu wolnostojącym, często najlepiej jest wziąć pod uwagę potencjalne źródła uszkodzeń. Pudełka kartonowe powinny być zwykle przechowywane nad ziemią; użycie kilku drewnianych desek do wykonania podniesionej platformy może zapobiec uszkodzeniu pudełek przez wodę. Jest to szczególnie ważne, gdy ktoś chce przechowywać pudła na zewnątrz, w których nadal znajdują się przedmioty.
Najlepszym sposobem przechowywania pudeł, które nadal są w użyciu, jest zazwyczaj ułożenie pudełek jeden na drugim. Zazwyczaj należy to robić z największymi i najcięższymi pudłami na dole, a kolejno lżejszymi i mniejszymi pudłami na górze. Cięższe pudła na lżejszych pudłach mogą doprowadzić do zmiażdżenia i uszkodzenia zawartości lżejszego pudła, a większe pudła na mniejszych pudłach mogą spowodować przewrócenie się stosu. Plastikowe pudełka są często zaprojektowane z dnem, które można łatwiej układać na wierzchu takich pudełek, dzięki czemu są one nie tylko trwalsze niż kartonowe, ale także łatwiejsze do bezpiecznego układania w stos.