W gardle lub gardle przez cały czas znajduje się wiele różnych bakterii. Przeprowadzono kilka badań w celu zidentyfikowania prawidłowej flory gardła, bakterii obecnych u większości zdrowych ludzi. Niektóre bakterie żyjące w gardle są zdolne do wywoływania choroby, gdy gospodarz jest zestresowany, podczas gdy inne odgrywają neutralną lub nawet korzystną rolę w zdrowiu gospodarza. Aby dowiedzieć się więcej o ich specyficznych bakteriach gardła, ludzie mogą mieć kulturę bakteryjną, w której pobiera się wymaz z gardła i hoduje, aby zobaczyć, co rośnie.
W każdym momencie w gardłach wielu ludzi można znaleźć bakterie z rodzajów Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus i Proteus. Bakterie z klas Spirochaetes i Actinomycetes są również powszechne, podobnie jak drobnoustroje Haemophilus influenze i Pesudomonas aeruginosa. Prawidłowa równowaga bakterii przyczynia się do funkcjonowania układu pokarmowego, a także działa odpychająco złe bakterie, które mogą atakować gardło.
Czytelnicy mogą rozpoznać nazwy niektórych normalnej flory gardła. Streptococcus to rodzaj bakteryjny związany z paciorkowcem gardła, infekcją gardła spowodowaną kolonizacją bakteriami Streptococcus grupy A. Inna mieszkanka gardła, Neisseria, może powodować zapalenie opon mózgowych w postaci zakażenia Neisseria meningitidis, a Corynebacterium diphtheriae odpowiada za błonicę. Posiadanie tych organizmów w gardle nie musi oznaczać zachorowania, chyba że gospodarz doświadcza stresu lub złego stanu zdrowia, które otwierają drogę dla bakterii.
Większość bólów gardła i infekcji gardła jest w rzeczywistości powodowana nie przez bakterie, ale przez wirusy lub grzyby, w przypadku pleśniawki, która jest infekcją spowodowaną kolonizacją drożdżakami Candida albicans. Kiedy równowaga bakterii wymknie się spod kontroli i jeden rodzaj zacznie rosnąć zbyt szybko, ludzie mogą odczuwać ból gardła i wiele innych objawów. Można przeprowadzić posiew gardła, aby zobaczyć, który organizm jest odpowiedzialny, a antybiotyki można przepisać, aby przywrócić normalną równowagę.
Badania nad długotrwałym stosowaniem antybiotyków wykazały, że ludzie mogą niszczyć bakterie jamy ustnej i gardła, jeśli przyjmują antybiotyki przez dłuższy czas. To z kolei może sprawić, że ludzie będą podatni na takie rzeczy, jak infekcje drożdżakowe, ponieważ eliminowana jest konkurencja bakteryjna o zasoby. Jest to jeden z powodów, dla których lekarze starają się ostrożnie przepisywać antybiotyki i upewnić się, że pacjenci stosują antybiotyki zgodnie z zaleceniami, aby uniknąć długotrwałych problemów zdrowotnych.