Na rośliny malin może wpływać wiele różnych chorób, w tym różne rodzaje zarazy, zatrucie trzciny cukrowej, antraknoza, kędzierzawienie liści, choroba mozaiki i chloroza żył. Niektóre z tych chorób malin są spowodowane przez inwazyjne grzyby, podczas gdy inne mają charakter wirusowy. Eksperci zalecają kupowanie roślin, które są certyfikowane jako wolne od wirusów, ze względu na szczególną podatność maliny na choroby wirusowe.
Wiele chorób malin ma swoje źródło w obecności grzyba, który negatywnie wpływa na określone obszary rośliny. W przypadku zarazy trzciny, grzyb wnika w miejscu rany na gałęzi, która mogła być spowodowana uszkodzeniem przez owady, przycinaniem lub urazem podczas przesadzania. Choroba ta występuje najczęściej u czarnych malin. Cane botrytis atakuje najstarsze liście rośliny z brązowymi plamami lub szarawymi smugami. W bardziej zaawansowanych stadiach na roślinie pojawią się ciemne, przypominające pęcherze rany. Antraknoza powoduje purpurowe lub czerwone plamy na liściach, gałęziach, łodygach lub owocach maliny.
Zaraza ostróg, która atakuje gałęzie i liście maliny, zwykle zaczyna się jako infekcja na krawędziach liści, która rozprzestrzenia się do wewnątrz. Ten stan jest bardziej powszechny na czerwonych malinach i może zapobiegać kwitnieniu pąków. Zaraza komarów ma dwojaką przyczynę, ponieważ wywołujące chorobę grzyby przedostają się do rośliny poprzez uszkodzoną tkankę spowodowaną przez larwy komarnicy. Jest to jedna z chorób malin, która może powodować strukturalne uszkodzenia rośliny. Plamistość liści objawia się czarniawozielonymi plamami lub dziurami w liściach rośliny, stan, który można zredukować poprzez odpowiednie przycinanie lub zastosowanie fungicydu.
Niektóre choroby malin są wywoływane przez wirusy. Zwijanie się liści objawia się skręcaniem i bieleniem gałęzi i liści maliny, a każdy owoc jest wyjątkowo obskurny i suchy. Ten stan często występuje z powodu infekcji przez plamy dzikich malin. Choroba mozaikowa jest jedną z wielu chorób malin, które dotykają zarówno owoców, jak i liści, a także zmniejszają ogólną wielkość rośliny. Chloroza żył prowadzi do rozjaśnienia i zniekształcenia liścia maliny, a także do ogólnego skrócenia rośliny.
Aby uniknąć lub kontrolować choroby malin pochodzenia grzybowego, eksperci zalecają utrzymywanie roślin z dużą cyrkulacją powietrza poprzez odpowiednie odchwaszczanie i przycinanie. W przypadku roślin podlewanych przez system nawadniający unikanie długich okresów nadmiernej wilgoci może pomóc w ograniczeniu inwazji grzybów. Fungicydy mogą pomóc w leczeniu chorób grzybiczych, gdy już się pojawią. Insektycyd skuteczniej zwalcza stany takie jak zaraza komarów.