Kwiaty tęczówki są kwiatami wieloletnimi, co oznacza, że powracają co roku i wyrastają z cebulek lub kłączy, w zależności od odmiany. Podczas gdy zapracowani ogrodnicy mogą docenić fakt, że kwiaty będą pojawiać się w tym samym miejscu każdego sezonu, oznacza to również, że mogą się również zadomowić różne rodzaje chorób tęczówki i szkodniki. Niektóre choroby tęczówki są wywoływane przez różnego rodzaju infekcje grzybicze, takie jak więdnięcie fusarium. Inne choroby są wynikiem działania owadów, które powodują ewentualne infekcje bakteryjne.
Sadząc cebulki tęczówki najlepiej unikać miejsc, w których te kwiaty były w ciągu ostatnich kilku lat, chyba że celem jest powiększenie istniejącego, zdrowego kwietnika. Wiele rodzajów chorób tęczówki może żyć w glebie latami, a nowe rośliny mogą łatwo ulec zakażeniu, jeśli zostaną na nie narażone. Wybranie niewłaściwego obszaru prawdopodobnie spowoduje, że rośliny więdną i obumierają wkrótce po wykiełkowaniu, chociaż niektóre mogą żyć wystarczająco długo, aby zakwitnąć, zanim umrą.
Więdnięcie Fusarium jest przykładem infekcji grzybiczej, która po dostaniu się do gleby może nękać kwiaty przez wiele lat. Ten problem zazwyczaj najpierw infekuje korzenie rośliny, powodując martwe brązowe plamy, które wydają się zapadnięte i miękkie w dotyku. Pierwszym widocznym objawem mogą być liście przysadziste i żółte; wkrótce po wypuszczeniu tych liści roślina umrze.
Inną chorobą tęczówki wywoływaną przez grzyby jest grzyb gorczycy, znany również jako zgnilizna korony i zaraza południowa. Rośliny wytwarzają brązowy śluz, który pokrywa podstawę kwiatów i liści i może rozprzestrzeniać się wzdłuż rośliny, zabijając zarówno zdrowe, jak i niezdrowe części rośliny. To często atakuje kwiaty tęczówki pochodzące z wybrzeża Pacyfiku i wielobarwne tęczówki brodate. Grzybowi nasion gorczycy można skutecznie zapobiegać, ale jeśli raz się zadomowią, zarówno rośliny, jak i glebę należy usunąć z obszaru, aby zapobiec dalszemu rozprzestrzenianiu się.
Niektóre rodzaje chorób tęczówki są spowodowane aktywnością owadów. Miękka zgnilizna bakteryjna jest jednym z takich problemów i występuje, gdy bakterie dostają się do ran w roślinie, które zostały spowodowane przez aktywność tęczówki. Kłącze zaraża się wraz z liśćmi, a roślina wydziela nieprzyjemny zapach, często bez wyraźnego powodu. Bliższa inspekcja zwykle ujawnia maleńkie dziury pozostawione przez świder tęczówki, a jedynym rozwiązaniem może być wykopanie i wyrzucenie całej rośliny, zwłaszcza kłącza.
Bakteryjna plamistość liści jest jedną z chorób tęczówki, która niekoniecznie jest śmiertelna dla rośliny, ale nadal może powodować znaczne szkody. Na liściach pojawiają się duże, wyglądające na mokre plamy, najpierw na krawędziach, a następnie rozprzestrzeniają się w kierunku środka i brązowieją, a ostatecznie zmieniają się w białe, gdy liść obumiera. Ścisłe warunki sanitarne mogą pomóc kontrolować rozprzestrzenianie się tej infekcji, podobnie jak usuwanie wszelkich zainfekowanych liści. Liście muszą być całkowicie usunięte z obszaru i nigdy nie powinny wylądować na pryzmie kompostu ani w pobliżu krawędzi ogrodu.