Istnieje siedem podstawowych różnych kolorów czakry, z których każdy oznacza inną ideę lub koncepcję. Kolory te biegną w sekcjach w górę ciała i obejmują czerwony, pomarańczowy, żółty, zielony, niebieski, indygo i fioletowy. W hinduizmie kolory czakry reprezentują energię, która, jak się uważa, emanuje od ludzi i kontroluje emocje oraz ciało.
Podstawa lub korzeń czakr jest czerwony, znany również jako muladhara. Ten kolor reprezentuje uziemienie ducha na ziemi i uważa się, że jest odpowiedzialny za poczucie integracji i zaufania. Na diagramach czerwona czakra znajduje się od nóg do stóp. Uważa się, że czerwona czakra kontroluje kręgosłup, układ odpornościowy i dolną część ciała.
Pomarańczowy jest drugim z kolorów czakry i jest czasami nazywany swadhisthana. Najbardziej znana z kontrolowania płodności i seksualności, pomarańczowa czakra jest również uważana za centrum kreatywności. Znajduje się od podbrzusza do bioder i uważa się, że kontroluje narządy płciowe i jelita.
Żółta czakra jest powszechnie nazywana splotem słonecznym. Odpowiedzialna za osobistą moc i siłę, ta czakra jest uważana za źródło zdolności osoby do osiągnięcia swoich celów. Trzeci z kolorów czakry jest uważany za energię, która pozwala na poznawcze zrozumienie problemów emocjonalnych. W sensie fizycznym splot słoneczny kontroluje górną część brzucha, żołądek i główne narządy w okolicy.
Zielony reprezentuje czakrę serca, znaną również jako anahata. We współczesnych odmianach hinduizmu zielona czakra może być również reprezentowana przez kolor różowy. Kontroluje nie tylko uczucia miłości, ale także nienawiść, a także każdą emocję pomiędzy. Uważa się, że czwarty kolor czakry kontroluje serce i krew w ciele człowieka.
Uważa się, że gardło i szyja mieszczą piątą czakrę, reprezentowaną przez kolor niebieski. Znana jako visuddha w sanskrycie, niebieska czakra kontroluje szyję, ręce i ramiona ciała. W hinduizmie uważa się, że niebieska czakra jest w równowadze tylko wtedy, gdy osoba jest uczciwa; kłamstwo może mieć poważne konsekwencje dla zdrowia fizycznego tego obszaru.
Na czole znajduje się indygo, kolor trzeciego oka. Szósty kolor czakry odpowiada za połączenie człowieka z jego podświadomością, a także za połączenie z wszechświatem jako całością. Czasami pisana jako ajna, czakra indygo jest odpowiedzialna za intuicję i może zostać wytrącona z równowagi przez brak osobistej integralności.
Fioletowy lub fioletowy reprezentują czakrę korony, znajdującą się na samym czubku głowy. Napisana jako sahasrara w sanskrycie, uważa się, że ta czakra jest odpowiedzialna za wiedzę i połączenie z wyższą mocą. Uważa się, że brak równowagi ostatniego z kolorów czakry wpływa na każdą inną czakrę, prowadząc w ten sposób do braku spokoju w życiu człowieka.